R语言需要Java环境吗

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R语言需要Java环境吗,第1张

需要的,这是配置环境步骤,1.检查操作系统和R版本检查自己电脑是64位还是32位的(在控制面板里→系统),然后查看R的版本与操作系统是否一致,位置在RStudio里的Tools→Global Options2.下载并安装JAVA, 方法是百度关键词JDK + 64(or32),保证JAVA版本与R软件版本一致安装路径与R的安装路径一致,比如都放在C:\Program Files\JAVA下,安装过程中会有2处提示可更改安装路径,这其实是2次安装,一次是JDK一次是JRE,一般按照默认路径安装就行;需要注意的是,如果你是64位系统但下载安装的是32位JAVA,那么会默认安装到C:\Program Files (x86)\JAVA,x86代表是32位安装路径;安装完毕会有2个文件夹

最近一直在学习转录组分析,在绘制差异表达基因热图的时候遇到了个坑?我发现的做出来的热图和别人不一样。如下图所示,图1是我的,图2是别人家的。

怎么解决呢?直接取对数吗?

如果对表达量去一下log10,发现10000变成了4,10变成了1,这样之前离散程度很大的数据就被集中了。

聚类分析中均一化是如何计算的?

表达矩阵每行数据的各个数值减去每行数据的均值,再除以每行数据的标准差。

详细的数据规范化(归一化)、及Z-score标准化可参考教程 https://blog.csdn.net/weixin_38706928/article/details/80329563

关于R环境搭建可参考教程, 【R语言入门】R语言环境搭建 -

绘制热图

通过一些数学函数,将原始值进行映射。该方法包括log、指数、正切等。当变量是正偏态分布的时候,选用log对数。是否取对数可根据自己的需求。

ps:生信小白一枚。内容仅供参考,和谐交流 ,欢迎大佬指导,也欢迎大家一起学习。

R是一套由数据操作、计算和图形展示功能整合而成的套件。包括:有效的数据存储和处理功能,一套完整的数组(特别是矩阵)计算操作符,拥有完整体系的数据分析工具,为数据分析和显示提供的强大图形功能,一套(源自S语言)完善、简单、有效的编程语言(包括条件、循环、自定义函数、输入输出功能)。

在这里使用环境(environment)是为了说明R的定位是一个完善、统一的系统,而非其他数据分析软件那样作为一个专门、不灵活的附属工具。