R语言_一个矩阵除以向量会发生什么

Python011

R语言_一个矩阵除以向量会发生什么,第1张

在用 featureCounts 做完表达矩阵的counts值后进行TPM需要注意这个细节问题，在计算TPM时每个基因需要除以各自的基因长度来校正基因长度，每一个样本又要除以它各自的文库大小校正测序深度。

因此，我们的表达矩阵，其实是需要除以两个长度不一的向量，而且方向不一样，一个是按照行来除以（基因长度），一个是按照列来除以（测序深度），在我之前的文章 https://www.jianshu.com/p/cd1c7b4ec6a2 RNA-seq数据分析一：(HISAT2+featureCounts） 中有提到

count 是表达矩阵，kb是不同基因长度向量，而 colSums(count) 是不同样本的长度向量。

矩阵除以向量，是按行的顺序来的，如果需要按列的顺序来(不同样本，一列一列)，就得先转置，再转回来

我们可以看到，一个矩阵除以向量是将向量按照行（第一行第一个，第二行第一个...）的顺序与矩阵中的数据相除。

摘自： https://www.cnblogs.com/yupeter007/p/5325575.html

矩阵的存储默认是按列进行存储的

matrix (data = NA, nrow = 1, ncol = 1, byrow =FALSE, dimnames = NULL)

创建一个c(1:12)的三行四列的矩阵，

colnames<-c("c1","c2","c3","c4")

rownames<-c("r1","r2","r3")

x<-matrix(1:12,nrow=3,ncol=4,byrow=TRUE,dimnames=list(rownames,colnames))

x

c1 c2 c3 c4

r1 1 2 3 4

r2 5 6 7 8

r3 9 10 11 12

y<-t(x)

若是针对的是一个向量

y<-(1:10)

装置后得到的是行向量

[1] "matrix"

若要的到列向量则

matrix(rnorm(100),nrow=10)

matrix(2,ncol=n,nrow=m)

4.1创建对角矩阵

diag(x,ncol=n,nrow=m)

若x为矩阵 则diag（x）将会提取矩阵x的对角，则返回的是向量值

返回的是以矩阵对角的对角矩阵

[,1] [,2] [,3]

[1,] 1 0 0

[2,] 0 1 0

[3,] 0 0 1

n<-ncol

m<-nrow

为矩阵的行和列命名

rownames(x)<-c()

colnames(x)<c()

A为m×n矩阵，c>0，在R中求cA可用符号：“*”，例如：

A为m×n矩阵，B为n×k矩阵，在R中求AB可用符号：“％*％”，例如：

对矩阵求逆

方法一：直接用solve（x）

方法二：加载包MASS

library(MASS)

ginv(matrix)

向量的内积

x<-c(1:5)

y<-c(3:7)

向量的外积

向量、矩阵的外积(叉积)

设x和y是n维向量，则x%o%y表示x与y作外积.

, , 2, 1

[,1] [,2] [,3] [,4]

[1,]28 14 20

[2,]4 10 16 22

[3,]6 12 18 24

, , 1, 2

[,1] [,2] [,3] [,4]

[1,]3 12 21 30

[2,]6 15 24 33

[3,]9 18 27 36

, , 2, 2

[,1] [,2] [,3] [,4]

[1,]4 16 28 40

[2,]8 20 32 44

[3,] 12 24 36 48

outer()是更为强大的外积运算函数，outer(x,y)计算向量x与y的外积，它等价于x %o%y

函数。outer()的一般调用格式为

outer(x，y，fun=”*”)

det(x),求矩阵x的行列式值

qr(x)$rank求x矩阵的秩

解线性方程组和求矩阵的逆矩阵

R语言数组和矩阵 1 数组数组可以看成一个由递增下标表示的数据项的集合，例如数值。数组的生成如果一个向量需要在R中以数组的方式被处理，则必须含有一个维数向量作为它的dim属性。维度向量由dim()指定，例如，z是一个由1500个元素组成的向量。下面的赋值语句>dim(z) <- c(3,5,100)使它具有dim属性，并且将被当作一个3X5X100的数组进行处理。 c(3,5,100) 就是他的维度向量。还可以用到像matrix()和array()这样的函数来赋值。比如>array(1:20, dim=c(4,5))>matrix(1:24, 3,4)数据向量中的值被赋给数组中的值时，将遵循与FORTRAN相同的原则"主列顺序"，即第一个下标变化的最快，最后的下标变化最慢。数组的运算数组可以在算数表达式中使用，结果也是一个数组，这个数组由数据向量逐个元素的运算后组成，通常参与运算的对象应当具有相同的dim属性。2 数组的索引和数组的子块数组中的单个元素可以通过下标来指定，下标由逗号分隔，写在括号内。我们可以通过在下标的位置给出一个索引向量来指定一个数组的子块，不过如果在任何一个索引位置上给出空的索引向量，则相当于选取了这个下标的全部范围。如a[2,,]，a[,3,]等3 索引数组除了索引向量，还可以使用索引数组来指定数组的某些元素。例如：有4X5的数组a，若要得到a中的a[1,3], a[2,2] 和a[3,1]这三个元素，可以生成索引向量i，然后用a[i]得到它们。>a <- array(1:20,dim=c(4,5)) # Generate a 4 by 5 array.>i <- array(c(1:3,3:1),dim=c(3,2))>i[,1] [,2][1,] 1 3[2,] 2 2[3,] 3 1>a[i][1] 9 6 3>a[i] <- 0 # 将这三个元素用0替换。4 向量，数组的混合运算表达式从左到右被扫描；参与运算的任意对象如果大小不足，都将被重复使用直到与其他参与运算的对象等长；当较短的向量和数组在运算中相遇时，所有的数组必须具有相同的dim属性，否则返回一个错误；如果有任意参与运算的向量比参与运算的矩阵或数组长，将会产生错误；如果数组结构正常声称，并且没有错误或者强制转换被应用于向量上，那么得到的结果与参与运算的数组具有相同的dim属性。5 矩阵的运算构建分区矩阵：cbind()和rbind()，cbind()按照水平方向，或者说按列的方式将矩阵连接到一起。rbind()按照垂直的方向，或者说按行的方式将矩阵连接到一起。 外积：操作符是%o%:>ab <- a %o% b 或者>ab <- outer(a, b, "*")其中的乘法操作可以由任意一个双变量的函数替代。广义转置：函数t(A)，或aperm(A, c(2,1))；获取行数/列数：nrow(A)和ncol(A)分别返回矩阵A的行数和列数。 矩阵乘法：操作符为%*%；交叉乘积（cross product）：crossprod(X，Y)等同于t(X) %*% y，crossprod(X)等价于crossprod(X, X)；diag(v)：如果v是向量，diag(v)返回一个由v的元素为对角元素的对角矩阵。 如果v为矩阵，diag(v)返回一个由v主对角元素组成的向量。 如果v只是一个数值，那么diag(v)是一个vXv的单位矩阵。 特征值和特征向量：eigen(Sm)。这个函数的结果是由名为values和vectors的两部分组成的列表。如果只是需要特征值：eigen(Sm)$values 最小二乘拟合即QR分解：lsfit(), qr()。强制转换为向量：as.vector()，或者直接c().