r语言中mar : 返回边框的宽度, 返回值的单位为 lines。
mar以数值向量表示的边界大小,顺序为“下、左、上、右”,单位为英分*。默认值为c(5, 4, 4, 2) + 0.1。
R语言简介:
R语言是用于统计分析、绘图的语言和操作环境。R是属于GNU系统的一个自由、免费、源代码开放的软件,它是一个用于统计计算和统计制图的优秀工具。
作为一个开放的统计编程环境,语法通俗易懂,很容易学会和掌握语言的语法。而且学会之后,我们可以编制自己的函数来扩展现有的语言。这也就是为什么它的更新速度比一般统计软件,如SPSS、SAS等快得多。大多数最新的统计方法和技术都可以在R中直接得到。
par(mfrow = c(n,m),mar = c(0,0,0,0),mai = c(0,0,0,0))
mar,mai参数主要是调节图形的margin的大小,顺序是下、左、上、右
R语言中,设置plot(x,y,'..., bty="o",..)里参数bty,就可以不同的6种边框了。
bty可以取6种字符,分别为“o”、“l”、“7”、“c”、“u”、“]”。这些字符代 表6种边框。
bty=“o” 绘制图形的上边框、下边框、左边框和右边框;注意这是小写的O
bty="l" 绘制图形的左边框和下边框;注意这是小写的L
bty="7"绘制图形的上边框和右边框;
bty="c"绘制图形的上边框、下边框和左边框;
bty="u"绘制图形的左边框、下边框和右边框;
bty="]"绘制图形的上边框、下边框和右边框;
title("Main Title", sub = "sub title",cex.main = 2, font.main= 4, col.main= "blue",
cex.sub = 0.75, font.sub = 3, col.sub = "red")
lty 取值为整数值,表示线型
tck 表示横纵坐标的刻度
rm(list=ls())##清除之前数据
library(rms) ###加载rms包#
library(foreign)
library(survival)
library(rmda)
##install.packages("DynNom")
library(DynNom)
setwd("C://Users//zhanglingyu//Desktop//测试") #设置工作目录
rt<- read.table('测试.txt',header=T,sep="\t")
head(rt) #查看前5行的数据
str(rt)
##接着对所有变量数据进行打包
ddist <- datadist(rt) #将数据打包
options(datadist='ddist')
model1<- lrm(rt$fustat ~ Age+Gender+Tau+EMPG+Glu+HCY+VB12+ALB, data = rt)
summary(model1)
par(mgp=c(1.6,0.6,0),mar=c(2,2,2,2)) ##设置画布
nomogram <- nomogram(model1,fun=function(x)1/(1+exp(-x)), ##逻辑回归计算公式
fun.at = c(0.001,0.01,0.05,seq(0.1,0.9,by=0.1),0.95,0.99,0.999),#风险轴刻度
funlabel = "Risk of Alzheimer Disease", #风险轴便签
lp=T, ##是否显示系数轴
conf.int = F, ##每个得分的置信度区间,用横线表示,横线越长置信度越
abbrev = F#是否用简称代表因子变量
)
plot(nomogram,
#1.变量与图形的占比
xfrac=.35,
#2.变量字体加粗
cex.var=1,
#3.数轴:字体的大小
cex.axis=0.8,
#4.数轴:刻度的长度
tcl=-0.5,
#5.数轴:文字与刻度的距离
lmgp=0.3,
#6.数轴:刻度下的文字,1=连续显示,2=隔一个显示一个
label.every=1,
#7.1个页面有几个数轴(这个可以压缩行间距)
naxes=13,
#8.垂直线的颜色.
col.grid=gray(c(0.8, 0.95)),
#9.线性预测轴名字
lplabel="Linear Predictorlp",
#10变量分数名字
points.label='Points',
#11总分名字
total.points.label='Total Points',
force.label=F#没啥用TRUE强制标记的每个刻度线都绘制标签,我也没研究明白
)
#运行以展示Nomogram每个变量的分数
model1
##生成改良诺模图
plot(nomogram,col.grid = c("Tomato2","DodgerBlue"))