1、含义不同。
微信h5支付：是集成在微信客户端的支付功能，用户可以通过手机完成快速的支付流程。
jsapi支付：以绑定银行卡的快捷支付为基础的支付。
2、支付方式不同。
微信h5支付：h5支付是用在公众号内。
jsapi支付：jsapi支付是网页发起的微信支付请求。
3、功能不同。
微信h5支付：可以在手机网站内直接支付，为移动支付方式，简单快捷。
jsapi支付：仅可以在微信浏览器内发起支付，比如公众号内的网页和微信小程序，略微麻烦。
参考资料来源：微信支付-普通商户接入
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