R语言初学笔记:差异表达基因

R语言初学笔记:差异表达基因

setwd("E:GSE25066")#环境设置 library(limma)#加载差异分析包limma #将分组文件加载到环境中,分组信息第一列为样本名,第二列为分组信息如“high”“low” targ
Python220
limma包的使用

limma包的使用

limmar package是一个功能比较全的包,既含有cDNA芯片的RAW data输入、前处理(归一化)功能,同时也有差异化基因分析的“线性”算法(limma: Linear Models for Microarray Data),特
Python1150
R语言 sam permutation rand怎么设定数字

R语言 sam permutation rand怎么设定数字

R语言 sam permutation rand直接设定数字数字分好几种,阿拉伯数字是最普遍的一种。阿拉伯数字并不是阿拉伯人发明的而是印度人发明的,实际应该列为印度语言,只是先传播到阿拉伯,然后传向世界的,所以称之为“阿拉伯数字”。数字是一
Python210
用R语言做PCA的具体步骤

用R语言做PCA的具体步骤

#导入你的矩阵,我的矩阵是包含列名称和行名称的exp = read.table('exp.txt', header = TRUE ,sep = 't' )require(graphics)#调用PC
Python150
r语言lm回归为什么自动变成多元的

r语言lm回归为什么自动变成多元的

r语言lm回归为什么自动变成多元的R语言的lm函数可以用于建立线性回归模型,当变量个数大于1时,它会自动变成多元回归。这是因为,当有多个变量时,模型会更加复杂,可以更好地拟合数据,因此多元回归模型可以更好地反映数据的特征。百度知道r语言找不
Python210
如何用R绘制地图

如何用R绘制地图

这里主要介绍下在R语言中绘制地图的个人琢磨的思路。绘制地图步骤有三:你得需要绘制地图;(约等于废话)你得有要绘制地图的地理信息,经纬度啊,边界啊等等;你得利用2的数据在R中画出来。以上步骤中,目前最关键的是2,一旦2的数据有了,在R中不就是
Python160
水晶的佩戴方法

水晶的佩戴方法

基本上是左入右出,另外要看看晶石本身是属于投射性(放射性)或是吸纳性的能量。如果是吸纳性应该带在左手,如果是投射性应该带右手。 投射性水晶可以放出能量吸引一些磁场。 吸纳性水晶可以吸纳凝聚一些能量。 以下数据只作参考,如您戴带的方法不同,也
Python160
R语言安装WGCNA,碰到依赖包无法安装的情况

R语言安装WGCNA,碰到依赖包无法安装的情况

加权基因共表达网络分析 (WGCNA, Weighted correlation network analysis)是用来描述不同样品之间基因关联模式的系统生物学方法,可以用来鉴定高度 协同变化 的基因集, 并根据基因集的内连性和基因集与表
Python230
使用R包ChIPseeker实现对ChIP-seq peaks的注释

使用R包ChIPseeker实现对ChIP-seq peaks的注释

ChIP-seq试验普遍用于探究蛋白质与核酸的结合作用。例如最常见的,期望获得某个转录因子的功能,查看它结合到哪些基因启动子区域并调控它们的转录,以及更高级的分析识别该转录因子的motif位点等,就可通过ChIP-seq来实现。 作了C
Python190
R语言——列表

R语言——列表

前一段工作太忙了,终于又有时间来继续学习了 列表就是一些对象(或成分,component)的有序集合。列表允许整合若干(可能无关)对象到单个对象名下。也就是说,某个列表中,可能是托干个向量、矩阵、数据框,甚至是其他列表的组合。函数lis
Python190
Go语言能做什么?

Go语言能做什么?

Go 语言被设计成一门应用于搭载 Web 服务器,存储集群或类似用途的巨型中央服务器的系统编程语言。对于高性能分布式系统领域而言,Go 语言无疑比大多数其它语言有着更高的开发效率。学习Go语言,可以说是很简单的,入门快,想学习Go语言,可以
Python220
go是什么编程语言?主要应用于哪些方面?

go是什么编程语言?主要应用于哪些方面?

Go语言由Google公司开发,并于2009年开源,相比JavaPythonC等语言,Go尤其擅长并发编程,性能堪比C语言,开发效率肩比Python,被誉为“21世纪的C语言”。Go语言在云计算、大数据、微服务、高并发领域应用应用非常广
Python160
R语言GEO数据挖掘:步骤三:进行基因差异分析

R语言GEO数据挖掘:步骤三:进行基因差异分析

用limma包,这里注意,limma包是对基因芯片表达矩阵的分析,不能对逆转录RNAseq表达矩阵进行分析(因为数据特征不同),RNAseq需要用另一种方法 解读此表 但是上面的用法做不到随心所欲的指定任意两组进行比较,所有还有下一
Python180
2019-10-22 R语言Seurat包下游分析-1

2019-10-22 R语言Seurat包下游分析-1

下游分析 cellranger count 计算的结果只能作为错略观测的结果,如果需要进一步分析聚类细胞,还需要进行下游分析,这里使用官方推荐 R 包(Seurat 3.0) 流程参考官方外周血分析标准流程( https:sat
Python120
生物信息学中GO是什么意思

生物信息学中GO是什么意思

GO是Gene Ontology的简称,是生物学家为了衡量基因的功能而而发起的一个项目,从分子功能(molecular function)、生物学过程(biological process)和细胞定位(cellular component)
Python150