DNA条形码的介绍

DNA条形码的介绍

DNA条形码(DNA barcode)是指生物体内能够代表该物种的、标准的、有足够变异的、易扩增且相对较短的DNA片段。科学家们用DNA条形码技术鉴定物种及物种间亲缘关系,修改已有的分类学结论等。2002年生物学家研发出生物自己的条形码,用
Python190
R语言绘制二元聚类图

R语言绘制二元聚类图

R语言绘制二元聚类图说明之前使用k均值方法将数据划分到不同的簇中,但当变量个数大于2时,就无法在二维空间中展示数据聚类的过程,因此可以使用二元聚类图先将变量减少成两个主要成分,然后利用组件(诸如轴线和椭圆)来展示数据聚类的结果。操作载入包,
Python210
R语言 RDA分析(去冗余物种)

R语言 RDA分析(去冗余物种)

也做了挺多次RDA分析,自己现在小结一下RDA分析流程: 就我个人而言,虚线前面都是不太经历的步骤,我一般不会主动删去样品的环境信息,因为我接触的菌群这块本来就没有什么多余的环境信息-_-||,所以我的重点放在怎么去除多余OTU或菌群上
Python100
R包vegan的Mantel tests

R包vegan的Mantel tests

R包vegan的Mantel testsMantel tests是确定两组距离测度矩阵(而非两组变量矩阵)之间相关性的相关性测试方法,用于判断一个矩阵中的样本距离与另一矩阵中的样本距离是否相关。Mantel tests零假设为响
Python180
聚类分析4—环境数据来解释 (数量生态学:R语言的应用-第四章)

聚类分析4—环境数据来解释 (数量生态学:R语言的应用-第四章)

在这之前我们学习了聚类分析的基本概念、几种计算层次聚类的方法、进一步解读和比较层次聚类结果以及非层次聚类,这些聚类方法都是基于物种多度数据对样方进行分组,当然这些聚类方法也可以用于其他类型数据,特别是环境数据,所以本次就是介绍用 环境数据
Python240
R语言入门--第十四节(聚类分析)

R语言入门--第十四节(聚类分析)

(1)定义每一个观测值为一类; (2)计算每一类和其它各类的距离; (3)把“距离”最短的两类合并成一类,这样类的个数就减少一个; (4)重复步骤1和步骤2,直到包含所有观测值的类合并成单个类为止。 基于5种营养标准含量(变
Python100
R语言定义多维数组

R语言定义多维数组

R语言定义多维数组数组有一个特征属性叫做维数向量(dim属性),维数向量是一个元素取正整数值的向量 ,其长度是数组的维数,比如维数向量有两个元素时数组为二维数组(矩阵)。维数向量的 每一个元素指定了该下标的上界,下标的下界总为1。一组值
Python130
R语言绘制二元聚类图

R语言绘制二元聚类图

R语言绘制二元聚类图说明之前使用k均值方法将数据划分到不同的簇中,但当变量个数大于2时,就无法在二维空间中展示数据聚类的过程,因此可以使用二元聚类图先将变量减少成两个主要成分,然后利用组件(诸如轴线和椭圆)来展示数据聚类的结果。操作载入包,
Python140
R绘制堆积柱形图

R绘制堆积柱形图

前面给大家讲了☞ 【R语言】百分比表格删除两行重新计算百分比 ,有小伙伴对文中的两个堆积柱形图比较感兴趣。那么今天我们就来聊聊这两张图是如何绘制出来了。 我们还是以☞ 【R语言】百分比表格删除两行重新计算百分比 中的数据为例 就可
Python220
R语言|绘制物种累计曲线

R语言|绘制物种累计曲线

物种累积曲线( species accumulation curves)用于衡量和预测群落中物种丰富度随样本量扩大而增加的幅度,在生物多样性和群落调查中,被广泛用于判断样本量是否充分的并估计群落丰富度。 一般而言,在样本量较少的情况下,
Python100
R语言中实现层次聚类模型

R语言中实现层次聚类模型

R语言中实现层次聚类模型大家好!在这篇文章中,我将向你展示如何在R中进行层次聚类。 什么是分层聚类?分层聚类是一种可供选择的方法,它可以自下而上地构建层次结构,并且不需要我们事先指定聚类的数量。该算法的工作原理如下:将每个数据点放入其自己的
Python110
用r语言做cca时怎么显示物种环境相关系数

用r语言做cca时怎么显示物种环境相关系数

假设你要计算两组数值的线性相关系数,方法有两种:第一种方法:键入函数:=CORREL(数据列或行1,数据列或行2)。该函数是计算数据列或行1及数据列或行2的线性相关系数。例如有一列数据为A1:A20,还有一列数据为B1:B20,=CORRE
Python140
GO数据库介绍(转载)

GO数据库介绍(转载)

类似于语义网络。是为了生物界有一个统一的数据交流语言。 因为在生物学界,存在在种种同名异义、异议同名的现象。为此产生了GO项目。 GO是用一套统一的词汇表来描述生物学中的分子功能、生物过程和细胞成分。其思想大概过程:对于一个基因产品(蛋
Python140
R语言|绘制物种累计曲线

R语言|绘制物种累计曲线

物种累积曲线( species accumulation curves)用于衡量和预测群落中物种丰富度随样本量扩大而增加的幅度,在生物多样性和群落调查中,被广泛用于判断样本量是否充分的并估计群落丰富度。 一般而言,在样本量较少的情况下,
Python140
R语言|绘制稀释曲线

R语言|绘制稀释曲线

alpha多样性指数的大小是与使用的ASVOTU表的抽平深度有关,为探究样本alpha多样性随抽平深度的变化曲线,可绘制稀释曲线(rarefaction curve),这是生态领域的一种常用方法。 稀释曲线通过从每个样本中随机抽取一定
Python570
实时传播指数怎么算rt=1

实时传播指数怎么算rt=1

新冠肺炎传播指数Rt值,代表着在采取了一段时间的疫情防控干预措施后,在某一时间节点计算的每个感染者平均可传播的人数。新冠传播指数Rt值的变化,实时反映着疫情防控干预情况。Rt值通常被理解为疫情实时传播指数。实时传播指数的明显下降,说明采取的
Python170