用R语言对vcf文件进行数据挖掘.7 测序深度覆盖度

用R语言对vcf文件进行数据挖掘.7 测序深度覆盖度

目录 vcf数据里除了位点的ATGC的对比,进行纯合杂合判断的以外。还有一个重要的项目就是 DP ,测序深度。测序深度不仅是看测序质量的重要参考,也是对染色体倍数体以及基因拷贝数进行评估的重要指标。 一般的VCF文件都很大,用手动
Python130
r语言横坐标设置不同颜色

r语言横坐标设置不同颜色

R语言中的颜色1 颜色名称表示法R语言中的颜色表示方式主要有两种,一种是用颜色的名称表示,例如:blue、red、orange等等,要知道R语言中颜色名称可以使用colors()方法得到。下图只显示50个颜色值:library(scales
Python210
r语言中怎么把小圆点填充成紫色

r语言中怎么把小圆点填充成紫色

使用polygon进行纯色填充。其中density为填充的阴影线的密度,angle为阴影线的斜率。值得注意的是,当你需要纯色填充时,density和angle可以忽略不写。然后border为边框的颜色。同时border也可以是逻辑。即FAL
Python140
REmap经纬度坐标地图可视化,只显示一个省份

REmap经纬度坐标地图可视化,只显示一个省份

应该是系统卡了重新登陆即可。R语言REmap包具有十分强大的地图可视化功能,可以十分方便地做空间热力图和空间迁徙图,使用十分方便,地图可视化也使得空间信息更加丰富直观。 R 有几种用于制作图形的系统,但 ggplot2 是最优雅和最通用的系
Python150
第2章 感知机

第2章 感知机

什么是感知机? 感知机是二分类的线性分类模型,其输入为实例的特征向量,输出为实例的类别,取+1和-1二值。 本章介绍:感知机模型-&gt感知机的学习策略(损失函数)-&gt感知机学习算法(包括原始形式和对偶形式)
Python160
R语言可视化及作图2--低级绘图函数

R语言可视化及作图2--低级绘图函数

R语言绘图系列: ⚠️在不确定将图例添加在什么位置时,可使用 locator函数 。 locator()函数可以定位图上的点。运行locator函数之后在图上随便点一个点,点击finish就会返回刚刚那个点的位置坐标。 使用t
Python150
R语言绘图——数据可视化ggplot2 介绍和主要的参数

R语言绘图——数据可视化ggplot2 介绍和主要的参数

R 有几种用于制作图形的系统,但 ggplot2 是最优雅和最通用的系统之一。与大多数其他图形包不同,ggplot2 具有基于图形语法的底层语法,它允许您通过组合独立组件来组合图形。如果想要更加了解ggplot2,请阅读 ggplot2:
Python130
r语言 plot设置刻度

r语言 plot设置刻度

解决这个问题的方法如下:1、首先在R中,plot函数作图时会自动给出xy轴的刻度标度。2、然后有时需要自己定义xy轴的刻度,这时可以用axis中的at和labels参数来更改,先令plot不要画出xy轴的标度。3、最后,用axis函数设置
Python390
r语言怎么给多个表格加权重排序

r语言怎么给多个表格加权重排序

r语言怎么给多个表格加权重排序步骤如下。1、函数是对一维度数组、向量x进行排序。若x为数值,则按照从小到大的原则进行排序。2、数据分为确定值与缺失值两种。3、最基本的排序,小数在前大数在后,相同元素先者在前后者在后。非度量多维标度(NMDS
Python150
R语言可视化及作图2--低级绘图函数

R语言可视化及作图2--低级绘图函数

R语言绘图系列: ⚠️在不确定将图例添加在什么位置时,可使用 locator函数 。 locator()函数可以定位图上的点。运行locator函数之后在图上随便点一个点,点击finish就会返回刚刚那个点的位置坐标。 使用t
Python160
R语言如何对图进行更改

R语言如何对图进行更改

&gtopar&lt-par(no.readonly=T)#生成修改当前参数设置的列表&gtpar(mfrow=c(2,1)) #两幅图排成2行1列&gtplot(mpg,type="b&q
Python260
R语言绘制配对样品箱线图

R语言绘制配对样品箱线图

配对箱线图,常见于配对样本的数据分析中。 例如下图示例,为了研究某些基因在肿瘤组织和正常组织中是否具有表达量的显著不同,在取样时,往往会在同一患者个体中同时获取肿瘤和临近正常组织,两个组织样本就是配对关系。当然在这类研究中,往往需要调查
Python160
R语言可视化常用代码

R语言可视化常用代码

(供自己记录) adj位置调整 ask询问 bg背景 bty图形边框风格,o四边都有边框,l左边和下边,7右边和上边,c上边、左边和下边, cex设置点和字符的大小,axis坐标轴上标签字的大小,lab坐标轴上命名的大小
Python270
【R语言】--- 直方图

【R语言】--- 直方图

直方图(Histogram),又称质量分布图,是一种统计报告图,由一系列高度不等的纵向条纹或线段组成,表示数据分布的情况。 一般用横轴(X轴)表示数据类型,纵轴(Y轴)表示分布(相应值的频数)情况。 绘制直方图,首先要对数据进行分组,然
Python330