R语言计算β多样性指数及分析

R语言计算β多样性指数及分析

计算β多样性指数需要用到phyloseq包。它的安装方式不同于简单的install.packages(“phyloseq”) 有两种方法可以安装 1.先安装BiocManager install.packages("B
Python120
【R>>tSNE】tSNE高效降维

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t-SNE:T-Distribution Stochastic Neighbour Embedding, T分布随机近邻嵌入。与PCA一样是常用的降维方法,其主要优势在于能保持局部结构的能力,即高维数据空间中距离相近的点投影到低维空间中仍然
Python140
R语言计算β多样性指数及分析

R语言计算β多样性指数及分析

计算β多样性指数需要用到phyloseq包。它的安装方式不同于简单的install.packages(“phyloseq”) 有两种方法可以安装 1.先安装BiocManager install.packages("B
Python130
R语言进行PCoA分析

R语言进行PCoA分析

#PCoA 分析在R语言中进行主要依赖于以下得包,进行这个分析得主要可以应用于形态学数据得相似与差异性分析。library(ade4)library(ggplot2)library(RColorBrewer)library(vegan)这里
Python150
R语言计算β多样性指数及分析

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Python180
R语言:unifrac的计算

R语言:unifrac的计算

Unifrac是一个十分常用的衡量不同群落之间谱系结构差异的指标。在R语言中,计算unifrac的函数不只一种,不同函数之间有什么差别呢?本文目的就是对几个常用的计算unifrac的函数的使用方法做个记录。比较对象首先,每
Python130
种水平上聚类到的OUT为什么比属少

种水平上聚类到的OUT为什么比属少

聚类分析有两种主要计算方法,分别是凝聚层次聚类(Agglomerative hierarchical method)和K均值聚类(K-Means)。一、层次聚类层次聚类又称为系统聚类,首先要定义样本之间的距离关系,距离较近的归为一类,较远的
Python160
R语言-KNN算法

R语言-KNN算法

1、K最近邻(k-NearestNeighbor,KNN)分类算法,是一个理论上比较成熟的方法,也是最简单的机器学习算法之一。该方法的思路是:如果一个样本在特征空间中的k个最相似(即特征空间中最邻近)的样本中的大多数属于某一个类别,则该样本
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R语言计算β多样性指数及分析

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Python110
R语言-KNN算法

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1、K最近邻(k-NearestNeighbor,KNN)分类算法,是一个理论上比较成熟的方法,也是最简单的机器学习算法之一。该方法的思路是:如果一个样本在特征空间中的k个最相似(即特征空间中最邻近)的样本中的大多数属于某一个类别,则该样本
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R语言学习笔记之聚类分析

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R语言学习笔记之聚类分析使用k-means聚类所需的包:factoextracluster #加载包library(factoextra)library(cluster)l#数据准备使用内置的R数据集USArrests#load t
Python150
人工智能需要学习哪些数学知识

人工智能需要学习哪些数学知识

分布,KL距离等再往后面延伸还有信息论等内容它是更实用理论的基础。5.最优化在简单基础的应用场景下,我们希望机器学习能很好的对于事物有个归纳总结的能力,所以训练学习的过程有点像一个拟合过程,不用的应用场景对不同的目标进行优化所以肯定是基础再
Python150
R语言:TOPSIS综合评价法进行多属性最优方案选择

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一般地, TOPSIS综合评价法 主要包含两个步骤:计算权重和计算相对接近度。如需详细了解 TOPSIS综合评价法 的原理和方法,请自行百度,网上有许多非常详尽的原理说明和案例讲解。 根据熵权法确定各个指标的权重;计算各指标信息熵,指标
Python120
python动态规划及编辑距离计算实例

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动态规划的三要素:最优子结构,边界和状态转移函数,最优子结构是指每个阶段的最优状态可以从之前某个阶段的某个或某些状态直接得到(子问题的最优解能够决定这个问题的最优解),边界指的是问题最小子集的解(初始范围),状态转移函数是指从一个阶段向另一
Python160
java经度纬度计算

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一般假设小块区域是平面。先通过纬度计算当地两个经度之间的距离(不同纬度上,不同经度距离是不一样的)再计算两个经度间的距离。然后反切就可以算出角度。使用第三方jar包 jts包 例子如下面 x0dx0ax0dx0a一个面所包含的经
Python140
R语言pairs不能用于类变量吗

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可以用pairs生成一个配对的散点图矩阵,矩阵由X中的每列的列变量对其他各列列变量的散点图组成,得到的矩阵中每个散点图行、列长度都是固定的。这个我查了下觉得应该是这么回事:iris首先是个数据框,数据框可以看做是矩阵的推广,也可以看成是特殊
Python120
R语言计算β多样性指数及分析

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计算β多样性指数需要用到phyloseq包。它的安装方式不同于简单的install.packages(“phyloseq”) 有两种方法可以安装 1.先安装BiocManager install.packages("B
Python110