R语言操作——TCGA数据处理

R语言操作——TCGA数据处理

获取表达矩阵,处理TCGA的count数据,1表示为行。 导入数据 加 ENTREZID列,用于富集分析(symbol转entrezid,然后inner_join) 转化空格为NA 用花花的专属TCGA包,ID进行转换
Python100
R语言 RDA分析(去冗余物种)

R语言 RDA分析(去冗余物种)

也做了挺多次RDA分析,自己现在小结一下RDA分析流程: 就我个人而言,虚线前面都是不太经历的步骤,我一般不会主动删去样品的环境信息,因为我接触的菌群这块本来就没有什么多余的环境信息-_-||,所以我的重点放在怎么去除多余OTU或菌群上
Python130
Python破解网站下载次数

Python破解网站下载次数

可以。Python编程中while语句用于循环执行程序,即在某条件下,循环执行某段程序,以处理需要重复处理的相同任务。Python是一种跨平台的计算机程序设计语言是一个高层次的结合了解释性、编译性、互动性和面向对象的脚本语言最初被设计用于编
Python190
R语言:有关差异分析的检验方法

R语言:有关差异分析的检验方法

1 读取,计算均值,箱图观察 2 查看数据分布 2.1 hist直方图 2.2 qqnorm散点图 3 Shapiro-Wilk正态性检验 4 方差齐性检验意义:方差分析就是在大家误差水平
Python90
如何系统地自学 Python

如何系统地自学 Python

Python 其实挺简单的,也挺强大的。我用 Python 做科学计算,自学一年,也记了一年的笔记。笔记链接:GitHub - 中文 Python 笔记Jupyter Notebook - 中文 Python 笔记笔记目录:01. Pyth
Python120
r语言 t.test用法

r语言 t.test用法

paired=TRUE(TRUE可以简写成T)意思是对X和Y这组paired数据(就是说(X_i,Y_i)可以很自然地组成一对,而(X_i,Y_j)(i≠j)就不能当成一对)做t检验,即对所有Y_i-X_i(也可能是X-Y,忘了是哪个了)组
Python170
r语言combn函数在python中是什么

r语言combn函数在python中是什么

itertools.product。r语言combn函数是一种排列组合的函数,python中排列组合的函数是itertools.product(sequence,repeat)。combn只是给出所有可能的组合情况,按原数据的顺序排列的。x
Python190
R语言初学笔记:差异表达基因

R语言初学笔记:差异表达基因

setwd("E:GSE25066")#环境设置 library(limma)#加载差异分析包limma #将分组文件加载到环境中,分组信息第一列为样本名,第二列为分组信息如“high”“low” targ
Python150
R语言初学笔记:差异表达基因

R语言初学笔记:差异表达基因

setwd("E:GSE25066")#环境设置 library(limma)#加载差异分析包limma #将分组文件加载到环境中,分组信息第一列为样本名,第二列为分组信息如“high”“low” targ
Python410
《R语言实战》自学笔记44-t检验

《R语言实战》自学笔记44-t检验

数据准备t检验,亦称student t检验(Student's t test),主要用于样本含量较小(例如n &lt30),总体标准差σ未知的正态分布。t检验是用t分布理论来推论差异发生的概率,从而比较两个平均
Python150
R语言read.table的问题

R语言read.table的问题

建议你明确地设定 header 参数。按照惯例,首行只有对应列的字段而没有行标签对应的字段。因此,它会比余下的行少一个字段。(如果需要在 R 里面看到这一行,设置 header = TRUE。)如果要读取的文件里面有行标签的头字段(可能是空
Python120
怎么用r语言进行dna菌群多样性分析

怎么用r语言进行dna菌群多样性分析

基因测序分析微生物菌群结构 NA是什么意思微生物群落测序是指对微生物群体进行高通量测序,通过分析测序序列的构成分析特定环境中微生物群体的构成情况或基因的组成以及功能。借助不同环境下微生物群落的构成差异分析我们可以分析微生物与环境因素或宿主之
Python140
R语言操作——TCGA数据处理

R语言操作——TCGA数据处理

获取表达矩阵,处理TCGA的count数据,1表示为行。 导入数据 加 ENTREZID列,用于富集分析(symbol转entrezid,然后inner_join) 转化空格为NA 用花花的专属TCGA包,ID进行转换
Python130
R语言DESeq2基因差异表达分析

R语言DESeq2基因差异表达分析

经过表达定量后,我们已经得到了基因的表达量矩阵,差异表达分析通常是RNA-seq分析的第一步。 差异基因表达分析通常都是在R中,常用的有DESeq2,edgeR,limma等几种,这次主要介绍用DESeq2来进行差异表达分析。 需
Python130
R语言安装DESeq2包

R语言安装DESeq2包

DESeq2用来处理转录组数据。那么先来完成第一步:安装。 1、传统方式安装 麻蛋,报错了!!!!为什么受伤的总是我。 2、开启查阅资料模式,然后得到的结论是这个包的安装需要利用BiocConductor或者BiocManage
Python180
「GO富集分析」从原理到实践 ~ 零基础掌握

「GO富集分析」从原理到实践 ~ 零基础掌握

原本,我并无写这一稿件的想法。主要原因有二: 如果要找合理解释,那么针对第一点,就是每天仍然有大量新接触生信数据分析的朋友;针对第二点,......在前两天我推的文稿《零基础快速完成基因功能注释GOKEGGPFAM..
Python160