一、主体不同
1、工业主板：工业主板是应用于工业场合的主板，被工业电脑所采用，根据需求可以适应宽温环境，可以适应恶劣环境，可以长时间高负荷工作等。
2、普通主板：是构成复杂电子系统例如电子计算机的中心或者主电路板。
二、应用不同
1、工业主板：工业设备，GPS导航、污水在线监控、空气在线监测、仪器仪表，专业设备控制器，军工，政府机关、电信、银行、电力、车载液晶，监视器，可视门铃，便携DVD，液晶电视、环保设备等。
2、普通主板：用于个人电脑以及商业服务器。
三、特点不同
1、工业主板：加强主板的EMC/EMI性能，增强主板的稳定性。工业主板采用6层及以上PCB线路板设计。
2、普通主板：采用了开放式结构。主板上大都有6-15个扩展插槽，供PC机外围设备的控制卡（适配器）插接。
参考资料来源：百度百科-工业主板
参考资料来源：百度百科-主板
工控主板是应用于工业场合的主板，被工业电脑所采用，根据需求可以适应宽温环境，可以适应恶劣环境，可以长时间高负荷工作等。
根据主板的结构和尺寸可以分成：全长卡，半长卡，5.25寸，3.5寸，PC104架构等。
按选用芯片系列分：386，486，586，PIII，P4，ATOM,等。按芯片类型分：X86架构，MIPS架构，ARM架构等。还有一些根据客户需求定制的部分。
工控主板的典型环境，如下：
工作温度：范围可达-40度~85度；
工作湿度：范围可达非凝露0~95%；
环境粉尘：金属粉尘，普通粉尘；
电磁辐射：强电磁干扰环境，自身辐射控制；
长时间工作：一般寿命期内永久开机
以上这些环境下是商用主板无法胜任。
其主要应用：工控设备，GPS导航、污水在线监控、空气在线监测、仪器仪表，专业设备控制器，军工，政府机关、电信、银行、电力、车载液晶，监视器，可视门铃，便携DVD，液晶电视、环保设备等。
工控主板和普通的PC板最大的区别在于工控主板的PCI槽较多，也有部分是ISA槽的，PC板一般都没有。一般工控主板是不插显卡的，PC主板上就有PCI-E的显卡槽其他CPU都差不多，除了嵌入式的工控主板用的是灵动的CPU。
功能方面：工控主板是特定需求，特定功能，工业主板通过特殊设计，在遇到死机等异常情况，可以实现看门狗自动重新启动、防浪涌冲 击等功能，全力的保证系统在恶劣环境的高稳定性的要求。而普通主板是大众需求，具备多种功能。
稳定性方面：工控强调的是超稳定，无故障普通主板则是功能够炫，性能够酷，而其使用年限则要看个人运气或保养程度。
散热方面：工控主板讲究散热效率，普通主板侧重于外观些。
工控是特定需求的，因此量不多，卖的贵，而普通主板则很多时候靠价格打天下。
