R语言：DNA序列比对后计算遗传距离（P-distance）

Python019

R语言：DNA序列比对后计算遗传距离（P-distance）,第1张

在R语言中找到了计算遗传距离的函数dist.dna()但是不知道在R里面如何利用循环批量处理文件计算遗传距离。想到了利用python来调用R函数的方法，查找相关教程发现需要用到rpy2模块。

easy_install rpy2 报错（看不懂报错内容）；

pip install rpy2 报错（提示需要更新pip到pip19.0.3）；

利用 python -m pip install --upgrade pip 更新pip报错（看不懂报错内容）；

利用 https://pip.pypa.io/en/stable/installing/ 教程安装pip成功更新。

使用 pip install rpy2 安装依旧报错（看不懂报错内容）；

尝试教程 https://blog.csdn.net/suzyu12345/article/details/51476321 安装rpy2，提示 rpy2-2.9.5-cp37-cp37m-win_amd64.whl is not a supported wheel on this platform

在rpy2主页 https://rpy2.bitbucket.io/ 发现一句话 Releasend source packages are available on PyPi. Installing should be as easy * as

(*:except on Windows)

这意思是在windows系统使用pip安装不太容易吗？

找到了教程 rpy2:在python中调用R函数的一个实例 ；发现其中rpy2的安装使用的是conda，自己也尝试在windows的DOS窗口下使用 conda install rpy2 成功。但是结尾处提示了一句 此时不应有do 不明白是什么意思

在python中加载R包查到可以使用

加载R语言自带的包时没有遇到问题；但是加载需要额外安装的包时遇到了报错

按照教程 https://blog.csdn.net/arcers/article/details/79109535 使用 conda install -c r r-ggplot2 安装需要用到的包解决问题

一个简便描述序列分歧大小的测度是两条核苷酸序列中不同核苷酸位点的比例 P = nd/n；

nd为检测两条序列间不同核苷酸数；n为配对总数；P成为核苷酸间的p距离

AMD即由AMD公司生产的处理器。AMD( 超微半导体 ) 成立于 1969 年，总部位于加利福尼亚州桑尼维尔，AMD是唯一能与英特尔抗衡的CPU厂商，旗下的独立显卡部门也和NVIDIA平分天下。

AMD 公司专门为计算机、通信和消费电子行业设计和制造各种创新的微处理器、闪存和低功率处理器解决方案。

AMD在全球各地设有业务机构， 在美国、中国、德国、日本、马来西亚、新加坡和泰国设有制造工厂，并在全球各大主要城市设有销售办事处，拥有超过 1.6万名员工。

中国前景

作为全球经济发展速度最快的国家之一，中国日益成为 AMD 全球战略重点之一。AMD 首开先河推出了高性能和无缝移植 32 位、 64 位计算优势的技术；在合作伙伴的支持下， AMD 率先在中国市场推出 64 位计算。 2005 年， AMD 再开行业之先河，推出了双核处理器。

AMD 的客户及业务伙伴已遍布中国，覆盖科研、教育、电信、气象、石油勘探等行业， AMD 的产品受到了中国市场与用户的广泛肯定 。在中国， AMD 已与众多 OEM 厂商建立联盟，其中包括联想、清华紫光、曙光、方佳、中科梦兰 等中国公司，以及 HP 、 IBM 、 Sun 等全球领先的计算机制造商。