在用 featureCounts 做完表达矩阵的counts值后进行TPM需要注意这个细节问题,在计算TPM时每个基因需要除以各自的基因长度来校正基因长度,每一个样本又要除以它各自的文库大小校正测序深度。
因此,我们的表达矩阵,其实是需要除以两个长度不一的向量,而且方向不一样,一个是按照行来除以(基因长度),一个是按照列来除以(测序深度),在我之前的文章 https://www.jianshu.com/p/cd1c7b4ec6a2 RNA-seq数据分析一:(HISAT2+featureCounts) 中有提到
count 是表达矩阵,kb是不同基因长度向量,而 colSums(count) 是不同样本的长度向量。
矩阵除以向量,是按行的顺序来的,如果需要按列的顺序来(不同样本,一列一列),就得先转置,再转回来
我们可以看到,一个矩阵除以向量是将向量按照行(第一行第一个,第二行第一个...)的顺序与矩阵中的数据相除。
R语⾔查看已加载包、卸除加载包及安装包与卸载包1、查看已加载的包(.packages())
注意外⾯的括号和前⾯的点不能省。
包被安装后,在使⽤前需要加载。加载包使⽤命令 library(包名),⽐如library(codetools)。
查看有哪些包是被加载的,使⽤命令(.packages()) ,注意⼩括号和点号不能省略。
>(.packages())
[1] "stats" "graphics" "grDevices" "utils" "datasets" "methods" "base"
2、卸除已加载的包
如卸除RMySQL包
detach(“package:RMySQL”)
注意是卸除,不是卸载,也就是说不是把包从R运⾏环境中彻底删除,只是不希望该包被加载使⽤。
在包使⽤函数冲突,检验函数依赖时⽐较有⽤。
要将已经加载的包卸除。注意不是卸载删除,只是不加载这个包。在包函数冲突时需要。使⽤命令detach("package:包名")。或则detach("package:包名", unload=TRUE)
3、安装包
install.packages(“rjson”)
下载安装名为“rjson”的包。
要安装包,可以使⽤命令install.packages("包名"),或者
install.packages("包名", contriburl="http://url", dependencies = TRUE)
如果安装的时候要指定安装⽬录,可以使⽤install.packages("stepNorm", contriburl="http://url", lib="mydir")
4、卸载已加载的包
彻底删除已安装的包:
remove. packages(c(“pkg1”,”pkg2”) , lib = file .path(“path”, “to”, “library”))
注:
“pkg1”,”pkg2”表⽰包名,即⼀次可以卸载多个包;
“path”, “to”, “library”表⽰R的库路径,字符向量,通常情况下只输⼀个路径即可。使⽤命令.libPaths()可以查看库路径。⽰例:remove.packages(c(‘zoom’),lib=file.path(‘C:\\Program Files\\R\\R-3.2.2\\library’))
5、查看已安装的包
installed.packages()
library()
使⽤ library() 可以查看已经安装的包的列表,会打开⼀个新窗⼝显⽰信息。
使⽤ installed.packages() 可以看到各个包安装的路径,版本号等信息。
也可以使⽤ .packages(all.available=T) 就在控制台中显⽰已安装包的名字,只显⽰包的名字。
要查看已安装包的帮助信息,⽐如该包中有哪些函数,可使⽤ help(package="graphics") 。如果该包提供了信息,会以本地⽹页的形式打开帮助⽂件。
6、查看某个包提供的函数
help(package=’TSA’)
package参数为要查看的包的包名。
7、查看某个函数属于哪个包
help(函数名)
在打开的⽹页中查看属于哪个包。
8、升级包
update.packages()
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R语言查看已加载包、卸除加载包及安装包与卸载包
R语⾔查看已加载包、卸除加载包及安装包与卸载包1、查看已加载的包
(.packages())
注意外⾯的括号和前⾯的点不能省。
包被安装后,在使⽤前需要加载。加载包使⽤命令 library(包名),⽐如library(codetools)。
查看有哪些包是被加载的,使⽤命令(.packages()) ,注意⼩括号和点号不能省略。
>(.packages())
[1] "stats" "graphics" "grDevices" "utils" "datasets" "methods" "base"
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2、卸除已加载的包
如卸除RMySQL包
detach(“package:RMySQL”)
注意是卸除,不是卸载,也就是说不是把包从R运⾏环境中彻底删除,只是不希望该包被加载使⽤。
在包使⽤函数冲突,检验函数依赖时⽐较有⽤。
要将已经加载的包卸除。注意不是卸载删除,只是不加载这个包。在包函数冲突时需要。使⽤命令detach("package:包名")。或则detach("package:包名", unload=TRUE)
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3、安装包
install.packages(“rjson”)
下载安装名为“rjson”的包。
要安装包,可以使⽤命令install.packages("包名"),或者
install.packages("包名", contriburl="http://url", dependencies = TRUE)
如果安装的时候要指定安装⽬录,可以使⽤install.packages("stepNorm", contriburl="http://url", lib="mydir")
4、卸载已加载的包
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彻底删除已安装的包:
remove. packages(c(“pkg1”,”pkg2”) , lib = file .path(“path”, “to”, “library”))
注:
“pkg1”,”pkg2”表⽰包名,即⼀次可以卸载多个包;
“path”, “to”, “library”表⽰R的库路径,字符向量,通常情况下只输⼀个路径即可。使⽤命令.libPaths()可以查看库路径。⽰例:remove.packages(c(‘zoom’),lib=file.path(‘C:\\Program Files\\R\\R-3.2.2\\library’))