R语言 Bioconductor包的安装指南2019-05-20

Python016

R语言 Bioconductor包的安装指南2019-05-20,第1张

R语言 Bioconductor包的安装方法变更V3.9

Bioconductor提供了基因组大数据分析的工具,是开源的持续更新的项目。每年会有2次更新。

由于Bioconductor 包的更新与R并不同步,因此,请务必使用Bioconductor 的更新方式进行更新,以免程序出错。

曾经: Bioconductor包的安装方法是这样:

自上个版本后,Bioconductor 改进了安装方式,使用BiocManager包进行安装。

再也不用记Bioconductor 的网址了。。。

每次更新R版本后,记得运行

检测Bioconductor 包的更新。

安装R包报错的问题从一开始学生信就一直存在着,但是没有专门整理一下,前两天安装 CHIPseeker 的时候实在受不了了,因为碰见了好多坑,于是在这里专门整理一下,方便自己和他人查看

到这里已经没太有耐心了,然后开始查原因,后面应该加一个 type = "binary"

再试一下

成功解决,安装 XML 时同样也是这个问题 ,跟上面是一种解决方式

安装 TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene 就不能用 biocLite 了

解决办法

解决:去 lib_PATH下把lock文件删掉

这里是 问题 5 的 参考

老版本R,在这里MARK以下

虽然讨论了一些R包安装问题,但这应(jue)该(dui)不会是我最后一次安装报错,以后再遇到会更新的

R for Windows是一个免费的用于统计计算和统计制图的优秀工具,是R语言开发工具。它拥有数据存储和处理系统、数组运算工具(其向量、矩阵运算方面功能尤其强大)、完整连贯的统计分析工具、优秀的统计制图等功能。提供的图形界面,可以在其中访问控制台、创建脚本或安装其他软件包。