R语言的ggtree展示进化树的一些常用操作

Python018

R语言的ggtree展示进化树的一些常用操作,第1张

现在假设你已经拿到了nwk格式的进化树文件,如下

现在进化树的所有信息都存储在了 tree 这个变量里

用到的的 geom_tiplab()

可以首先加上 theme_tree2() 函数显示出坐标轴范围,然后用 xlim() 函数更改坐标轴范围

这里布局的参数就不一一介绍了,可以参考 https://yulab-smu.top/treedata-book/chapter4.html

R语言有着很强大的画图功能。我们可以从下面的语句中得到

1、绘画函数

高级画图功能(创建一个新的图形

低级绘图函数(在现有的图形上添加元素)

2、绘图参数介绍

高级绘图函数共同参数选项:

其它常用绘图参数(可以使用help(par)查看)

3、画图面板分割

在一个面板中画多张图

(1)、par中参数mfrow和mfcol

(2)、ayout函数

生成复杂的图形排列

(3)、其它函数

在一个面板中画多张图

4.图形保存

(1)输出到屏幕

windows, X11

(2)输出到文件

df , postscript , xfig, bitmap, pictex, cairo_pdf, svg, png, jpeg, bmp, tiff

通过菜单命令保存图形