一、使用esri系列
如果做C/S，使用ArcGIS Engine的插件与java的桌面集成，
如果做B/S，使用ArcGIS Server发布服务，用web service调用。
另外，地图的统计计算之类，如你说的，需要利用ArcGIS Desktop打包GP服务，然后用java调用。
二、使用开源系列
再有一些开源GIS开发工具，比如QGIS制图，GeoServer发布地图，postGIS地理信息数据库，Openlayers做地图接口
大概就是这样。
GIS是
地理信息系统
，一般来讲是一套集数据显示、存储、分析等操作的
计算机程序
，当然GIS是基于并随着计算机技术发展而发展的。现在的GIS主要是分单机GIS，网络GIS和
移动GIS
。
Java是计算机编程技术，是用来构建应用程序或网站，分为JavaSE（标准版），JavaEE（企业版）和JavaME（移动版）。
你要说他们之间的关系，就目前现在应用而言，我觉得：其一，网络GIS可以用JavaEE技术来进行搭建。比如开发网站来加载显示地图数据，分析等等，像Google
Map。其二，基于Android进行Mobile
GIS的开发，因为Android开发是基于Java语言的，所以Java的优势就在于与Android的结合。比如
高德地图
