R语言安装WGCNA，碰到依赖包无法安装的情况

Python024

R语言安装WGCNA，碰到依赖包无法安装的情况,第1张

加权基因共表达网络分析 (WGCNA, Weighted correlation network analysis)是用来描述不同样品之间基因关联模式的系统生物学方法，可以用来鉴定高度 协同变化 的基因集, 并根据基因集的内连性和基因集与表型之间的关联鉴定候补生物标记基因或治疗靶点。

相比于只关注差异表达的基因，WGCNA利用数千或近万个变化最大的基因或全部基因的信息识别感兴趣的基因集，并与表型进行显著性关联分析。一是充分利用了信息，二是把数千个基因与表型的关联转换为数个基因集与表型的关联，免去了多重假设检验校正的问题。

以上内容引用的网页：http://blog.genesino.com/2018/04/wgcna/#wgcna%E5%9F%BA%E6%9C%AC%E6%A6%82%E5%BF%B5

感觉WGCNA挺合自己脾气的，想安装一下。注定安装不会那么顺利。

安装了WGCNA是在Rstuio上安装的。用命令 install.packages("WGCNA")

执行完命令后，提示信息显示有三个依赖包（‘impute’, ‘preprocessCore’, ‘GO.db’）无法安装。

然后再安装那三个依赖包。

 BiocManager::install("impute")，安装impute时，也会安装GO.db包。遇到是否更新其他R包时，选择不更新 n.

>library("WGCNA")

Error: package or namespace load failed for ‘WGCNA’ in loadNamespace(j <- i[[1L]], c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[j]]):

 不存在叫‘preprocessCore’这个名字的程辑包

然后再安装一下‘preprocessCore’包

BiocManager::install("preprocessCore")

做完以上工作，再执行一下 >library("WGCNA").

其中提示信息：载入需要的程辑包：dynamicTreeCut  ；载入需要的程辑包：fastcluster ；载入程辑包：‘fastcluster’    意思是在使用WGCNA时，需要先载入这三个包，并且已经被直接载入了，不是错误信息。

R是不断更新的一个工具,里面的扩展包的使用是和R的版本还有byte相关的,所以这里根据你的报错信息来看, 你要检查一下你的R版本,保证在3.2以上能够使用这个扩展包.

R里的复杂扩展包一般都是有依赖包存在的,一般使用install.packages命令会让R也同时自动下载依赖包,这里你没有提供依赖包下载信息,默认应该都被自动下载好了.

另外一种情况就是R并不下载依赖包,但是在使用library()命令时也会加载一些其他包来使目标包可以被加载成功,这时会有warning信息.

你是不是用R Gui安装的，提示已经说了缺少quadprog依赖包，

用R Gui安装的话需要先把依赖包一个个安装上，比较麻烦，

可以在Rstudio上安装，

install.packages('tseries')

also installing the dependencies ‘quadprog’, ‘zoo’

trying URL 'https://cran.rstudio.com/bin/windows/contrib/3.3/quadprog_1.5-5.zip'

Content type 'application/zip' length 52439 bytes (51 KB)

downloaded 51 KB

trying URL 'https://cran.rstudio.com/bin/windows/contrib/3.3/zoo_1.7-13.zip'

Content type 'application/zip' length 899932 bytes (878 KB)

downloaded 878 KB

trying URL 'https://cran.rstudio.com/bin/windows/contrib/3.3/tseries_0.10-35.zip'

Content type 'application/zip' length 327381 bytes (319 KB)

downloaded 319 KB

package ‘quadprog’ successfully unpacked and MD5 sums checked

package ‘zoo’ successfully unpacked and MD5 sums checked

package ‘tseries’ successfully unpacked and MD5 sums checked

The downloaded binary packages are in

C:\Users\yuexf\AppData\Local\Temp\RtmpqqGpKz\downloaded_packages

>library(tseries)

‘tseries’ version: 0.10-35

‘tseries’ is a package for time series analysis and computational finance.

See ‘library(help="tseries")’ for details.

它会自动把依赖包给你安装上