——没用过phlip，不知道具体情况，但是构建NJ树的基础都是先计算出两两距离，然后再根据距离大小画出树图，至于为啥MEGA要快，可能是程序编辑的不一样吧，就像我用PAUP计算MP和NJ树时，特别是序列很多的时候，比MEGA快得不是一倍两倍。
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