GATK - Read groups

GATK - Read groups

运行GATK时,报错:java.lang.IllegalArgumentException: samples cannot be empty 这个问题在GATKForum有讨论到;IllegalArgumentException:
Python810
java怎么通过hash算法比对对象是否修改

java怎么通过hash算法比对对象是否修改

java使用哈希值判断通过hash算法比对对象是否修改。根据查询相关公开信息显示,使用string.GetHashCode()方法,将用户对象序列化成字符串,用string.GetHashCode()方法,获取字符串的哈希值,当用户点击保存
Python150
【单细胞转录组】将序列UMI映射到细胞聚类分群

【单细胞转录组】将序列UMI映射到细胞聚类分群

10X V5转录组vdj分析中,因为有 一段特殊基因序列比对不上参考基因组 ,所以bam文件没有这个barcode信息。需要把R2的这段序列,根据序列ID从R1中找出 R2序列与R1 barcode和UMI的 对应关系,然后做UMI去重,
Python220
Java带参数的方法?

Java带参数的方法?

是青鸟的学生吧,参数方法很简单的,调用方法的时候,参数要与定义方法传进的参数一致,返回值的类型要一致,在方法之中用到这个参数就不需要再定义了,方法可以有参数也可以没有。想得到一个结果的话,用有返回类型的方法,只想要过程的话,用VOID类型,
Python150
R语言:DNA序列比对后计算遗传距离(P-distance)

R语言:DNA序列比对后计算遗传距离(P-distance)

在R语言中找到了计算遗传距离的函数dist.dna()但是不知道在R里面如何利用循环批量处理文件计算遗传距离。想到了利用python来调用R函数的方法,查找相关教程发现需要用到rpy2模块。easy_install rpy2 报错(看不懂
Python210
第一次做生物信息学,求助

第一次做生物信息学,求助

你这个问题好大,生物信息学包含的内容太多,主要看你需要做哪些分析,是想学习分析,还是只是需要发表论文,如果学习,那是一个系统的学习,推荐学习两门语言,R语言和PERL语言,学习两个数据库,GEO和TCGA,这两个数据库是现在的主流,需要掌握
Python180
如何求等比数列

如何求等比数列

#include &ltstdio.h&gtint main( ) { int ri, repeat int i, n float x, sscanf("%d", &amprepeat) fo
Python190
不出Rstudio, 实现从多序列比对到画进化树

不出Rstudio, 实现从多序列比对到画进化树

这一步用到的包: biomaRt,选择用symbol获取蛋白质序列。 检查一下,发现少了SIRT6. 会出现部分基因名匹配不到序列的情况,一般用 ENTREZ ID 可以避免这种情况。于是现在需要补上SIRT6的序列。 再
Python160
请大家和我讲讲生物信息学和编程的关系~

请大家和我讲讲生物信息学和编程的关系~

生物信息学编程,任何计算机语言都可以,语言是工具,人脑思想才是核心。不过,python语言有点小众,我还是建议你用c语言或者c++,这样编写的程序可以方便移植到linux里面,文章仅是记录自己的学习使用,有错误请指出,我立刻改正 在对比
Python240
使用R获取DNA的反向互补序列

使用R获取DNA的反向互补序列

前面跟大家聊了一下 ☞R如何reverse一个字符串 ,其实这个只能实现反向,那怎么样才能实现互补呢?其实获取DNA的反向互补序列这个事情本身并不是很难。有很多网页工具都能够实现,我随便在网上搜了一下就找到3个。我这里只是想结合R语言来解
Python170