使用R获取DNA的反向互补序列

使用R获取DNA的反向互补序列

前面跟大家聊了一下 ☞R如何reverse一个字符串 ,其实这个只能实现反向,那怎么样才能实现互补呢?其实获取DNA的反向互补序列这个事情本身并不是很难。有很多网页工具都能够实现,我随便在网上搜了一下就找到3个。我这里只是想结合R语言来解
Python100
python数组中怎样删除符合条件的元素

python数组中怎样删除符合条件的元素

使用filter来实现,以python3为例,如果删除列表中的所有0,则可使用下面代码实现:a = [1,2,0,3,4,0,5,0,6]b = filter(lambda x: x != 0, a)list(b)效果如下:注:如果使用
Python120
R语言计算β多样性指数及分析

R语言计算β多样性指数及分析

计算β多样性指数需要用到phyloseq包。它的安装方式不同于简单的install.packages(“phyloseq”) 有两种方法可以安装 1.先安装BiocManager install.packages("B
Python120
怎么用R语言做单位根检验

怎么用R语言做单位根检验

R语言做单位根检验的两个方法:1、用fUnitRoots包中的UnitrootTests()和adfTest()。2、用tseries包中的adf.test()和pp.test()。用法都基本类似,可以看一下help的example。
Python110
python 路径被转义问题

python 路径被转义问题

python os 路径被转义的问题,以前常碰到字符串前面加r的情况,不加r有时候有问题有时候没有,也就没深究,这次就碰到一个问题搞了半天发现就是这里路径被转义了。文件路径中的单双正反斜杠 的意义在python中反斜杠
Python160
R|Affymetrix芯片分析(1)-affy

R|Affymetrix芯片分析(1)-affy

Affymetrix芯片储存着大量的生物信息学数据,因此有必要从实战出发的角度,汇总下Affymetrix芯片处理的流程。下面以GSE1438为例 常用的质量控制的指标: 平均数法、RLE、NUSE和RNA降解曲线根据以上指标综合决
Python150
Python 通用的序列操作

Python 通用的序列操作

序列 (sequence)是Python最基本的一种数据结构。 序列中的每个元素都有编号,即其位置或索引,其中第一个元素的索引为0,第二个元素的索引为1,依此类推。Python的序列索引支持负数,-1表示序列的最后一个元素,这是Pyt
Python150
使用R语言进行协整关系检验

使用R语言进行协整关系检验

使用R语言进行协整关系检验协整检验是为了检验非平稳序列的因果关系,协整检验是解决伪回归为问题的重要方法。首先回归伪回归例子:伪回归Spurious regression伪回归方程的拟合优度、显著性水平等指标都很好,但是其残差序列是一个非平稳
Python420
R语言:DNA序列比对后计算遗传距离(P-distance)

R语言:DNA序列比对后计算遗传距离(P-distance)

在R语言中找到了计算遗传距离的函数dist.dna()但是不知道在R里面如何利用循环批量处理文件计算遗传距离。想到了利用python来调用R函数的方法,查找相关教程发现需要用到rpy2模块。easy_install rpy2 报错(看不懂
Python190
r语言中pacf(x)什么意思

r语言中pacf(x)什么意思

r语言中pacf(x)意思是计算相关函数值函数(function)的定义通常分为传统定义和近代定义,函数的两个定义本质是相同的,只是叙述概念的出发点不同,传统定义是从运动变化的观点出发,而近代定义是从集合、映射的观点出发# 一、R基本操作#
Python130
建议收藏!10 种 Python 聚类算法完整操作示例

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1、插入排序插入排序的基本操作就是将一个数据插入到已经排好序的有序数据中,从而得到一个新的、个数加一的有序数据,算法适用于少量数据的排序,时间复杂度为O(n^2)。是稳定的排序方法。插入算法把要排序的数组分成两部分:第一部分包含了这个数组的
Python190
java中list的遍历有几种方式

java中list的遍历有几种方式

1.使用索引(index)来遍历List2.使用Iterator来遍历List。(for-each其实也是利用Iterator)注意:如果仅仅是遍历,那么可以可以使用索引或Iterator来遍历。但是,如果你在遍历的同时还要删除元素,则最好
Python190
python中循环语句

python中循环语句

1、if语句Python中的if子句由三部分组成:关键字本身、用于判断结果真假的条件表达式以及当表达式为真或者非零时执行的代码块。if 语句的语法如下:if expression: expr_true_suiteif 语句的expr_tru
Python150
在java中使用“setget”的方法是什么?

在java中使用“setget”的方法是什么?

在java中,get和set方法分别是用来获取和设置对象中数据成员值。列举一些用法:1、当数据成员是 private 时,只能通过get 和 set方法来设置,因为这些数据成员不能被直接访问。2、当需要对输入的数据进行变换时使用。如能通
Python170
R语言:DNA序列比对后计算遗传距离(P-distance)

R语言:DNA序列比对后计算遗传距离(P-distance)

在R语言中找到了计算遗传距离的函数dist.dna()但是不知道在R里面如何利用循环批量处理文件计算遗传距离。想到了利用python来调用R函数的方法,查找相关教程发现需要用到rpy2模块。easy_install rpy2 报错(看不懂
Python210
怎么用R语言做单位根检验

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R语言做单位根检验的两个方法:1、用fUnitRoots包中的UnitrootTests()和adfTest()。2、用tseries包中的adf.test()和pp.test()。用法都基本类似,可以看一下help的example。
Python130
golang的http请求怎么判断保存的json文件是否为空

golang的http请求怎么判断保存的json文件是否为空

json格式可以算我们日常最常用的序列化格式之一了,Go语言作为一个由Google开发,号称互联网的C语言的语言,自然也对JSON格式支持很好。官方提供的Json解析包已经非常强大,我们接下来讲解Json的序列化与反序列化操作。另外还有一些
Python180