R语言如何查询正弦波的波峰值用内置函数optim()optim(par,fun,lower,upper,method) 大致用到这5个参数par是初始值,你选离你峰值差不远的xfun是生成你正弦波的函数lower和upper定义域method用 "BFG2023-04-19Python170
R语言进行文本挖掘介绍使用tidytext进行文本挖掘。 整洁的数据应该是这样的 对于整洁的文本数据,储存在每行中的数据通常是单个单词,但也可以是n-gram,句子或段落。 使用unnest_tokens函数对数据进行处理 简单介绍一下unn2023-03-31Python200
试根据一段序列设计一对pcr引物,并在两端加上两个限制性酶切位点一般是相对于双链DNA设计引物。你拿到序列后,选择正链序列作为模板(一般标记为 r )。然后用 primer 或者DNAman 分析序列里面是否有你想用的限制性酶切位点,有则需换序列中不存在的酶切位点。确定了上下游的酶切位点酶切位点之后,就2023-03-26Python270
怎么用r语言进行dna序列分析有现成的包:matchprobes包 里面有个函数basecontent(seq)计算4中碱基每种的含量;自己做的话:#List是你的序列 unlist(strsplit(List,""))->sep.let2023-03-16Python200
怎么用r语言分析rnaseq数据seq函数是产生序列用的他的用法是seq(from,to,by)或者是seq(下界,by=,length=) 下面是用r运行的结果 seq(2,6,2) [1] 2 4 6 seq(10,by=2,length=5) [1] 10 12 12023-03-05Python240
用R语言对vcf文件进行数据挖掘.11 CNV分析目录 在之前的文章里介绍了如何通过直方图来可视化等位杂合碱基的比例来判断物种的染色体倍数性。在本文里会继续向下挖掘,介绍如何可视化染色体上的拷贝数变化(CNVs)。 和前文一样的操作,使用包自带的数据。 我们需要去除过高和过低深2023-03-05Python310
怎么用r语言分析rnaseq数据seq函数是产生序列用的他的用法是seq(from,to,by)或者是seq(下界,by=,length=) 下面是用r运行的结果 seq(2,6,2) [1] 2 4 6 seq(10,by=2,length=5) [1] 10 12 12023-02-27Python120
RNA-seq 分析之我见(一)先说下生物体内RNA的大致组成: 编码RNA:根据中心法则我们知道,DNA转录为mRNA,mRNA通过tRNA翻译为蛋白质,蛋白质行使生命功能,例如呼吸,运动,消化等等。人类只有2万左右个蛋白质编码基因,这些编码基因只占人类全基因组的22023-02-27Python130
怎么用r语言分析rnaseq数据seq函数是产生序列用的他的用法是seq(from,to,by)或者是seq(下界,by=,length=) 下面是用r运行的结果 seq(2,6,2) [1] 2 4 6 seq(10,by=2,length=5) [1] 10 12 12023-02-26Python90
R语言如何查询正弦波的波峰值用内置函数optim()optim(par,fun,lower,upper,method) 大致用到这5个参数par是初始值,你选离你峰值差不远的xfun是生成你正弦波的函数lower和upper定义域method用 "BFG2023-02-26Python170
【R语言编程】---根据表达量计算mRNA与lncRNA的皮尔森相关系数前言: 在构建ceRNA 网络时,需要计算lncRNA 与 蛋白编码gene(pc gene) 间的表达相关性,一般采用皮尔逊相关系数。具体如何做呢? 2.获得mRNA的表达矩阵 4个基因在100个样本的表达量矩阵: 32023-02-26Python90
跟着Nature ecology and evolution学python:vcf文件转换成fasta文件https:www.nature.comarticless41559-022-01753-8本地pdf文件A polar bear paleogenome reveals extensive ancient gene f2023-02-26Python190
R语言如何查询正弦波的波峰值用内置函数optim()optim(par,fun,lower,upper,method) 大致用到这5个参数par是初始值,你选离你峰值差不远的xfun是生成你正弦波的函数lower和upper定义域method用 "BFG2023-02-26Python120
miRNA分析--数据过滤(一)1、物种 hsa、mmu、rno分别代表人、小鼠、大鼠。 2、类别 mir、MIR、miR分别代表动物未成熟miRNA、植物未成熟miRNA、成熟 RNA。 3、序号 即阿拉伯数字。代表miRNA发现的先后顺序。一般情况2023-02-26Python140
系统发育比较分析—R系统发育树 是研究物种进化历史必不可少的信息,我们可以利用它得到一些重要历史线索,如: 首先,安装系统发育分析所需的软件包 其实,此处的树文件就是一个字符串列表(列表还可以是数字型)。 接下来,主要是看一下这些对象是如何存储2023-02-25Python150
用R语言对vcf文件进行数据挖掘.11 CNV分析目录 在之前的文章里介绍了如何通过直方图来可视化等位杂合碱基的比例来判断物种的染色体倍数性。在本文里会继续向下挖掘,介绍如何可视化染色体上的拷贝数变化(CNVs)。 和前文一样的操作,使用包自带的数据。 我们需要去除过高和过低深2023-02-25Python740
用R语言对vcf文件进行数据挖掘.11 CNV分析目录 在之前的文章里介绍了如何通过直方图来可视化等位杂合碱基的比例来判断物种的染色体倍数性。在本文里会继续向下挖掘,介绍如何可视化染色体上的拷贝数变化(CNVs)。 和前文一样的操作,使用包自带的数据。 我们需要去除过高和过低深2023-02-24Python190
用R语言对vcf文件进行数据挖掘.11 CNV分析目录 在之前的文章里介绍了如何通过直方图来可视化等位杂合碱基的比例来判断物种的染色体倍数性。在本文里会继续向下挖掘,介绍如何可视化染色体上的拷贝数变化(CNVs)。 和前文一样的操作,使用包自带的数据。 我们需要去除过高和过低深2023-02-24Python170
用R语言对vcf文件进行数据挖掘.2 方法简介目录vcfR 可以直接读取vcf格式的数据。如果同时读取参照序列fasta格式的序列文件和gff格式文件的注释文件还可以获取更完整的信息(此步骤并非必须,可以只读取vcf数据)。在此处便于重复用到了 pinfsc50 包。这个包里是2023-02-24Python160
用R语言对vcf文件进行数据挖掘.11 CNV分析目录 在之前的文章里介绍了如何通过直方图来可视化等位杂合碱基的比例来判断物种的染色体倍数性。在本文里会继续向下挖掘,介绍如何可视化染色体上的拷贝数变化(CNVs)。 和前文一样的操作,使用包自带的数据。 我们需要去除过高和过低深2023-02-24Python260