R语言|绘制稀释曲线alpha多样性指数的大小是与使用的ASVOTU表的抽平深度有关,为探究样本alpha多样性随抽平深度的变化曲线,可绘制稀释曲线(rarefaction curve),这是生态领域的一种常用方法。 稀释曲线通过从每个样本中随机抽取一定2023-02-23Python570
r语言arma-garch怎样预测原文链接:http:tecdat.cn?p=20015本文将说明单变量和多变量金融时间序列的不同模型,特别是条件均值和条件协方差矩阵、波动率的模型。均值模型本节探讨条件均值模型。iid模型我们从简单的iid模型开始。iid模型2023-02-23Python260
R语言|亚组分析森林图-2 (基于生存率结果)但是,有些小伙伴想做某变量在所有亚组下的生存率,那就需要我们做很多组KM曲线,例如上图8个变量,若做KM曲线就要做17幅,会占用大量文章面积,得不偿失。 而亚组分析森林图能清晰、明了的总结研究变量在各个亚组的n年生存率差异。结合上期介绍2023-02-23Python210
如何用R语言求jackknife距离这里给出以前写的一个示例。下面以使用刀切法估计正态分布N(0,25)的方差为例来说明刀切法的实现和优势。这里,我们将样本的修正方差视为关于总体方差的一个估计量。##1)产生随机变量x~N(0,25),产生100个样本set.seed(202023-02-23Python380
如何在R语言中进行神经网络模型的建立不能发链接,所以我复制过来了。#载入程序和数据 library(RSNNS) data(iris)#将数据顺序打乱 iris <- iris[sample(1:nrow(iris),length(1:nrow(iris))),12023-02-23Python100
R语言区间估计和置信区间实验内容一 1.固定样本量和,观察重复次数100、200和400时置信区间包含真值的频率是否接近置信度 2.设置,其他保持1不变,重复1,观察模拟结果;并观察与1中置信区间长度对比效果(随的变化) 3.将1中2023-02-23Python220
R语言 概率论 协方差计算问题协方差公式为:这也是R语言中使用的计算公式,我把它叫做“样本协方差”。样本数太少,只有3,自由度是2,这种方差分析或协方差分析本来就没什么意义。cov(x,y)=E(XY)-E(X)E(Y),这种使用数学期望(我把它叫做”总体的数学期2023-02-23Python190
GSVA自定义基因集分析已经很久没有再用R语言跑过数据了,最近有朋友需要跑GSVA,顺便重温了下R,现将内容分享如下。 GSVA全名Gene set variation analysis(基因集变异分析),是一种非参数,无监督的算法。与GSEA不同,GSVA2023-02-23Python150
如何在R语言中使用Logistic回归模型在日常学习或工作中经常会使用线性回归模型对某一事物进行预测,例如预测房价、身高、GDP、学生成绩等,发现这些被预测的变量都属于连续型变量。然而有些情况下,被预测变量可能是二元变量,即成功或失败、流失或不流失、涨或跌等,对于这类问题,线性回归2023-02-23Python130
R语言|亚组分析森林图-2 (基于生存率结果)但是,有些小伙伴想做某变量在所有亚组下的生存率,那就需要我们做很多组KM曲线,例如上图8个变量,若做KM曲线就要做17幅,会占用大量文章面积,得不偿失。 而亚组分析森林图能清晰、明了的总结研究变量在各个亚组的n年生存率差异。结合上期介绍2023-02-23Python160
R语言-17决策树是一个预测模型,分为回归决策树和分类决策树,根据已知样本训练出一个树模型,从而根据该模型对新样本因变量进行预测,得到预测值或预测的分类 从根节点到叶节点的一条路径就对应着一条规则.整棵决策树就对应着一组表达式规则。叶节点就代表该规则下2023-02-23Python130
R语言ggtree画圆形的树状图展示聚类分析的结果那么圆形的树状图如何实现呢?我查找了一下相关资料。 R语言包 dendextend 这个包可以实现,利用 help(package="dendextend") 查看帮助文档,能够看到其中的一个小例子 但是这个后期2023-02-23Python150
R语言学习之决策树R语言学习之决策树决策树最重要的2个问题:决策树的生长问题,决策树的剪枝问题。生长问题又包括了2个子问题:从分组变量的众多取值中选择一个最佳分割点和从众多输入变量中选择当前最佳分组变量;剪枝问题包括2个子问题:预修剪(事先指定树的最大深度,2023-02-23Python150
R语言|PLS-DA分析绘图示例偏最小二乘法判别分析(PLS_DA)是一种用于判别分析的多变量统计分析方法,一种根据观察或测量到的若干变量值,来判断研究对象如何分类的常用统计分析方法。对不同处理样本(如观测样本、对照样本)的特性分别进行训练,产生训练集,并检验训练集的可信2023-02-23Python180
多个离散变量怎么检测p值检测p值的正确方法如下所述:通过假设检验的方式对两个离散变量进行相关性验证(通常我们会将置信值p-value 设置成5%),普遍的验证过程分以下四步,Step One: 给出假设(null-test),如假设两个变量a, b互相独立,那么我2023-02-23Python120
求助,r语言中的判别分析Fisher判别分析,即 LDA 相应的R实现为:MASS包中的 lad() 函数,qda() 函数lad(x, grouping, prior = proportions ,tol = 1.0e-4, method , CV = FALS2023-02-23Python120
如何用r语言进行神经网络统计分析library(nnet)source <- c(10930,10318,10595,10972,7706,6756,9092,10551,9722,10913,11151,8186,6422,6337,11649,11652,2023-02-23Python150
R语言学习笔记之聚类分析R语言学习笔记之聚类分析使用k-means聚类所需的包:factoextracluster #加载包library(factoextra)library(cluster)l#数据准备使用内置的R数据集USArrests#load t2023-02-23Python150
【R语言编程】---利用三代测序绘制菌群聚类热图与物种丰度图前言: 仍然是三代测序数据的分析,宏基因组的文章中经常出现聚类热图和物种丰度图,用来直观地识别与某些疾病或者表型相关的菌群构成。 1.读取数据 一共有11个样本,每一个样本的测序reads都经过Nanopore官方的Epi2Me2023-02-23Python120
《R语言实战》自学笔记69-重抽样和自助法数据准备 许多实际情况中统计假设(假定观测数据抽样自正态分布或者其他性质较好的理论分布)并不一定满足,比如数据抽样于未知或混合分布、样本量过小、存在离群点、基于理论分布设计合适的统计检验过于复杂且数学上难以处理等情况,这时基于随机化和2023-02-23Python130