data:一般指要输入一个数据框
x:表示单独的一个对象，一般都是向量，也可以是矩阵或者列表
x和y:函数需要两个输入变量
x,y,z:函数需要三个输入变量
formula:公式
...：，在help文档中的三个点表示参数可传递，或者表示参数没有数量限制
na.rm:删除缺失值
color选项和明显用来控制颜色
select 与选择有关
font与字体有关
font.axis 就是坐标轴的字体
lty 是line type，线条类型
lwd是line width，线条宽度
method 软件算法
main:字符串,不能是向量
na.rm : TRUE或者FALSE
axis : side参数只能是1到4，调节坐标轴方向。1，2，3，4分别代表左下右上
fig:包含四个元素的向量
row：排，行
col：列
ggsurvplot( fit, #生存分析结果 data = NULL, #a dataset used to fit survival curves fun = NULL, # 定义生存曲线转换的任意函数。 经常使用的转换可以用字符参数指定:“event”绘制累积事件(f(y) = 1-y)，“cumhaz”绘制累积风险函数(f(y) = -log(y))，“pct”以百分比表示生存概率。 color = NULL, #曲线颜色 palette = NULL, #颜色调色板，可选调色板有 "grey","npg","aaas","lancet","jco", "ucscgb","uchicago","simpsons"和"rickandmorty". linetype = 1, #线条形状，可以用数值型向量1，2表示，也可以用字符串向量c("solid", "dashed"). conf.int = FALSE, #是否画出置信区间 pval = FALSE, #是否显示P值 pval.method = FALSE, #是否添加计算P值得方法得文本，前提是pval = TRUE test.for.trend = FALSE, #默认是F，如果TURE，返回trend Pvalues检验。 趋势检验旨在检测生存曲线的有序差异。 也就是说，至少对一个群体来说。 只有组数为>2时，才能进行趋势测试。 surv.median.line = "none", #画一条水平或者垂直得生存中位值线，允许的值有c("none", "hv", "h", "v"). v: 垂直vertical, h:水平horizontal. risk.table = FALSE, #是否显示风险table。其他值有absolute" or "percentage",显示绝对数值/百分比；参数"abs_pct" ,百分比以及绝对数值都显示 cumevents = FALSE, # logical value specifying whether to show or not the table of the cumulative number of events. cumcensor = FALSE, #logical value specifying whether to show or not the table of the cumulative number of censoring. tables.height = 0.25, #设置table得高度，取值范围0-1 group.by = NULL, #包含分组变量名称得字符串向量。长度<=2 facet.by = NULL, #一个字符向量，包含将生存曲线分成多个面板的分组变量的名称。 add.all = FALSE, #一个逻辑值。 如果为TRUE，则在主图中添加合并患者(null model)的生存曲线。 combine = FALSE, # a logical value. If TRUE, combine a list survfit objects on the same plot. ggtheme = theme_survminer(), #主题名称 tables.theme = ggtheme, #主题名称，默认是theme_survminer. ... #后面描述的参数和其他参数将被传递给ggplot2 geom_*()函数，如linetype, size, ii)或ggpar()函数来定制图形。 看到的细节部分 )1. 安装和加载包
绘制Kaplan-Meier生存曲线需要用到的R包：survminer和survival。
library(survminer) # 加载包
library(survival) # 加载包
2 拟合曲线
R中使用survfit()函数来拟合生存曲线。
fit.3<-survfit(Surv(住院天数+病程,组别)~cd1656,data=data)
3. 绘制曲线函数
ggsurvplot(fit, data = NULL, fun = NULL, color = NULL,
palette = NULL, linetype = 1, conf.int = FALSE,
pval = FALSE, pval.method = FALSE,
test.for.trend = FALSE, surv.median.line = "none",
risk.table = FALSE, cumevents = FALSE,
cumcensor = FALSE, tables.height = 0.25,
group.by = NULL, facet.by = NULL, add.all = FALSE,
combine = FALSE, ggtheme = theme_survminer(),
tables.theme = ggtheme, ...)
# 参数解释
fit # 拟合的生存曲线对象
data # 用来拟合生存曲线的数据集
fun # 常用三个字符参数；
# "event"绘制累积事件(f(y)=1-y)，
# "cumhaz"绘制累积危害函数(f(y)=-log(y))
# "pct"绘制生存概率(百分比)。
color # 设置生存曲线的颜色。
# 如果只有1条曲线，则直接设置color="blue"；
# 如果有多条曲线，默认color="strata"，按分组为生存曲线着色；
# 也可以自定义调色板来设置曲线颜色。
palette # 调色板，默认"hue"。
# 可选调色板有"grey","npg","aaas","lancet",
# "jco", "ucscgb","uchicago","simpsons"和"rickandmorty".
linetype = 1 # 设置曲线线型。可以按"strata"设置线型；
# 或按数字向量c(1, 2)或按字符向量c("solid", "dashed")设置
conf.int # 逻辑词；默认FASLE；为TRUE则绘制曲线置信区间
pval = FALSE # 逻辑词；为TRUE则将统计检验计算的p值添加到图上；
# 为数字，则直接指定P值大小，如pval = 0.03；
# 为字符串，则添加字符串到图上，如pval = "p-value: 0.031"
pval.method # 逻辑词，是否添加计算p值的统计方法的文本；
# 只有当 pval = TRUE时, 才会在图上添加检验方法文本
test.for.trend # 逻辑词，默认为FALSE；
# 为TRUE则返回趋势p值的检验，趋势检验旨在检验生存曲线的有序差异
surv.median.line # 在中位生存时间点处绘制水平或垂直线的字符向量；
# 可用值有"none"、"hv"、"h"、"v"；其中v绘制垂直线，h绘制水平线。
risk.table = FALSE # 逻辑词，图上是否添加风险表；
# "absolute" 显示处于风险中的绝对数量；
# "percentage" 显示处于风险中的百分比数量
# "abs_pct" 显示处于风险中的绝对数量和百分比
cumevents # 逻辑词，是否添加累计事件表
cumcensor # 逻辑词，是否添加累计删失表
tables.height = 0.25 # 生存曲线图下所有生存表的高度，数值0-1之间
group.by # 包含分组变量名称的字符向量，向量长度≤2
facet.by # 字符向量，指定绘制分面生存曲线的分组变量(应≤2)的名称
ggtheme=theme_survminer() # 设置ggplot2主题，如theme_bw()
tables.theme # 作用于生存表的ggplot2主题名称
# 有theme_survminer、theme_cleantable()
add.all = FALSE # 逻辑词；是否添加总患者生存曲线到主生存图中
