运用 R语言 pheatmap 包绘制热图进阶部分

Python011

运用 R语言 pheatmap 包绘制热图进阶部分,第1张

在EXCEL中整理好样本和物种的注释信息，当然这个需要依据你的具体需求来确定。

在RStudio 中使用 read.table 函数来导入行或列的分组注释信息

注意： data.1是pheatmap包基础篇中介绍过使用z-score中心化和标准化的数据；

具体可以参考上一期内容

这是注释颜色，好像不是特别好看，根据自己美感慢慢调节

运用R语言 pheatmap 包绘制热图进阶部分的内容就到这结束了。

首先R是一种专业性很强的统计语言，如果想学得快一些的话，基本的统计学知识要懂，不然很多东西会掌握的比较慢。

掌握基本语法和操作，推荐国内的已经翻译的比如《R语言实战》《R语言编程艺术》，这个过程中最好结合一些小例子来做一些分析的东西。其他还有《R语言实例》《R语言核心技术手册》也都是很好的书！如果需要可视化的话，强烈不推荐学习R本身的作图系统，实在是太不友好了.....还是用ggplot2吧。

掌握了上面的，就可以深入一些了，如果是做数据分析和可视化，推荐《ggplot2：数据分析与图形艺术》，这个才是作图的神器啊.....如果是空间分析相关的，推荐《Applied Spatial Data Analysis with R》，这个如果可以的话看英文版，而且要有地学的一些知识背景，中文版翻译的太次了，尽量不要看。数据挖掘机器学习之类的，可以看看比如《数据挖掘与R语言》、《机器学习——实用案例解析》，不过我觉得这几本书没上面的那几本好，但是可以大概看看是咋回事，最好还是看看专门的相关书籍，熟悉各种算法和流程，到时候搜索R的package，照着文档和例子搞定，不是特别难。

最后，强烈推荐统计之都、R-bloggers，统计之都以及谢益辉、肖凯、刘思喆等人的博客（自行Google以及到上面的网站找链接），订阅一下，会很有帮助，RStudio是个很棒的IDE，用起来很爽，功能很强大。

总之，你可以从《R语言实战》开始出发吧！