R语言是用于统计分析、绘图的语言和操作环境。R语言是属于GNU系统的一个自由、免费、源代码开放的软件，它是一个用于统计计算和统计制图的优秀工具。R是一套完整的数据处理、计算和制图软件系统。其功能包括：数据存储和处理系统；数组运算工具（其向量、矩阵运算方面功能尤其强大）；完整连贯的统计分析工具；优秀的统计制图功能；简便而强大的编程语言：可操纵数据的输入和输出，可实现分支、循环，用户可自定义功能。
R语言按照以下几点进行数据分类
通过选择菜单
程序包->安装程序包->在弹出的对话框中，选择你要安装的包，然后确定。
使用命令
install.packages("package_name","dir")package_name:是指定要安装的包名，请注意大小写。dir:包安装的路径。默认情况下是安装在..\library 文件夹中的。可以通过本参数来进行修改，来选择安装的文件夹。
本地来安装
如果你已经下载的相应的包的压缩文件，则可以在本地来进行安装。请注意在windows、unix、macOS操作系统下安装文件的后缀名是不一样的：
1）linux环境编译运行：tar.gz文件
2）windows 环境编译运行 ：.zip文件
3）MacOSg环境编译运行:.tgz文件
加载包
包安装后，如果要使用包的功能。必须先把包加载到内存中（默认情况下，R启动后默认加载基本包），加载包命令：
Library(“包名”)
注意区分： 数据类型 和 数据组成类型（数据结构）
数据类型 ：整型、浮点型、字符型、布尔型（不同的语言不同的叫法）
数据结构 ：向量(c())、矩阵(matrix())、数组(array())、列表(list())
注意：这里把 数据框 单拿出来讲（因为它比较特殊）
接下来通过一个实例讲解一下 S4数据结构 。这是我采用clusterProfiler做KEGG富集分析时的一个结果，其采用 S4数据结构 形式存放：
R语言中的几种数据结构
一 R中对象的5种基本类型
字符（character）
整数 （integer）
复数（complex）
逻辑（logical：True/False）
数值（numeric：real numbers）
查看对象类型的命令：class(x)
二 R语言中有如下几种数据结构：
向量 vector() 组内元素必须类型一致，否则将会被强制转换。
(1) 创建向量的三种方式：
<span style="font-size:18px">x <- vector("numeric", length = 10)
x <- 1:4
x <- c("a",12,TRUE)</span>
(2) 强制转换的几个函数：
as.numeric(x) / as.character(x) / as.logical(x)
矩阵 matrix()一列一列的填充元素
按行合并：rbind()按列合并：cbind()
数组 array() 可以有多个维度
列表 list() 可以包含不同类型的元素
因子 factor()
(1) 分类数据/有序 vs. 无序
(2) 整数向量+标签（label）（优于整数向量）
Male/Female vs. 1/2
常用于lm(),glm()
(3) levels设置基线水平
table() 查看因子信息unclass() 去除因子属性日期
x <- Sys.Date() 得到系统当前日期
julian(x) x距离1970-01-01的天数
时间 POSIXct / POSIXlt
POSIXct：整数，常用于存入数据框 as.POSIXct()
POSIXlt：列表，还包含星期、年月日等信息。as.POSIXlt()
strptime(x, format = "...") 将一般格式转化为时间格式
