R语言中有哪些包可以处理批次效应

Python030

R语言中有哪些包可以处理批次效应,第1张

可以用sva包处理，R sva包去除批次效应(batch effect)标签：batch-effectr生物信息学前言：sva包可以去除高通量实验中的批次效应和其它一些无关变量带来的影响。分为两个步骤：1.鉴定和评估实验中潜在的影响变量；2.直接应用ComBat去除已知的批次效应；在sva包中，假定有两种变量需要考虑：1.兴趣变量（如癌症和正常对照）。2.调整变量（如：病人的性别、病人的年龄等）。另外有两种模型矩阵（model matrices):1. full model(全模型):包含以上的两种变量；2. null model：只包含调整变量。

1、下载

wget http://mirror.bjtu.edu.cn/cran/src/base/R-3/R-3.0.1.tar.gz

2、解压：

tar -zxvf

R-3.0.1.tar.gz

cd R-3.0.1

3、安装 (当然也可以跳过)

yum

install readline-devel

yum install libXt-devel

./configure

4、 配置环境并编译安装

#

如果使用rJava需要加上 --enable-R-shlib

(这个我不需要，所以加入到后面)

# 如果3没安装, 那么后面加上： --with-readline=no

--with-x=no

./configure --prefix=/usr/R-3.0.1

make $$ make install

5、配置环境变量并生效

vi

.bash_profile

export R_HOME=/usr/R-3.0.1

export PATH=.:$R_HOME/bin:$PATH

# 试环境变量生效

source .bash_profile

6、 命令行测试

[admin@JD

software]$ R

WARNING: ignoring environment value of R_HOME

R version 3.0.1 (2013-05-16) -- "Good Sport"

Copyright (C) 2013 The R Foundation for Statistical Computing

Platform: x86_64-unknown-linux-gnu (64-bit)

R是自由软件，不带任何担保。

在某些条件下你可以将其自由散布。

用'license()'或'licence()'来看散布的详细条件。

R是个合作计划，有许多人为之做出了贡献.

用'contributors()'来看合作者的详细情况

用'citation()'会告诉你如何在出版物中正确地引用R或R程序包。

用'demo()'来看一些示范程序，用'help()'来阅读在线帮助文件，或

用'help.start()'通过HTML浏览器来看帮助文件。

用'q()'退出R.

>q()

7、创建脚本测试(t.R)

cd

/opt/script/R

vim t.R

#!/path/to/Rscript

#第一行

x<-c(1,2,3)

#R语言代码

y<-c(102,299,301)

model<-lm(y~x)

summary(model)

8、测试：执行脚本

R CMD BATCH

--args /opt/script/R/t.R

more

/opt/script/R/t.Rout

#查看执行的结果

或者第二种方式

Rscript

/opt/script/R/test.R

#结果直接输出到终端