r语言生存分析如何加入矫正因子

Python036

r语言生存分析如何加入矫正因子,第1张

r语言生存分析加入矫正因子是通过R语言。根据查询相关资料信息显示:R语言使用survival包的Surv函数创建生存对象,函数可以十分容易地完成生存曲线的校正,相应假设检验的结果也可以通过设置相关参数进行获取。

生存分析的术语有:生存时间事件。其中,事件又包括复发性事件、计数事件、死亡等感兴趣的事件。

从开始到发生感兴趣事件的时间,称为 生存时间 。例如,在癌症研究中,两个重要的结局指标包括:死亡时间(OS, Overall Survival)和无复发存活时间(RFS, Risk Free Survival),其对应于治疗反应与疾病复发之间的时间。它也被称为无病生存时间和无事件生存时间。然而,在研究时间段内,有些人可能不会观察到事件,从而产生所谓的“删失数据”。删失数据的来源包括:1)在研究时间内患者还没有经历过感兴趣的事件,如复发或死亡;2)在研究期间患者失访;3)患者经历不同的事件,使得进一步的随访变得不可能。

K-M曲线用于描述生存概率与生存时间的关系曲线,它提供了一个有用的数据总结,可以用来估计诸如中位生存时间之类的衡量指标。具体R操作:

install.packages(c("survival","survminer"))

library(survival)

library(survminer)

data("lung")

fit<-survfit(Surv(time,status)~1, conf.type='none', data=lung) 

print(fit) #可查看中位数生存时间

更多详细信息可参考: https://www.jianshu.com/p/df3a2d3fb312

ggsurvplot( fit, #生存分析结果 data = NULL, #a dataset used to fit survival curves fun = NULL, # 定义生存曲线转换的任意函数。 经常使用的转换可以用字符参数指定:“event”绘制累积事件(f(y) = 1-y),“cumhaz”绘制累积风险函数(f(y) = -log(y)),“pct”以百分比表示生存概率。 color = NULL, #曲线颜色 palette = NULL, #颜色调色板,可选调色板有 "grey","npg","aaas","lancet","jco", "ucscgb","uchicago","simpsons"和"rickandmorty". linetype = 1, #线条形状,可以用数值型向量1,2表示,也可以用字符串向量c("solid", "dashed"). conf.int = FALSE, #是否画出置信区间 pval = FALSE, #是否显示P值 pval.method = FALSE, #是否添加计算P值得方法得文本,前提是pval = TRUE test.for.trend = FALSE, #默认是F,如果TURE,返回trend Pvalues检验。 趋势检验旨在检测生存曲线的有序差异。 也就是说,至少对一个群体来说。 只有组数为>2时,才能进行趋势测试。 surv.median.line = "none", #画一条水平或者垂直得生存中位值线,允许的值有c("none", "hv", "h", "v"). v: 垂直vertical, h:水平horizontal. risk.table = FALSE, #是否显示风险table。其他值有absolute" or "percentage",显示绝对数值/百分比;参数"abs_pct" ,百分比以及绝对数值都显示 cumevents = FALSE, # logical value specifying whether to show or not the table of the cumulative number of events. cumcensor = FALSE, #logical value specifying whether to show or not the table of the cumulative number of censoring. tables.height = 0.25, #设置table得高度,取值范围0-1 group.by = NULL, #包含分组变量名称得字符串向量。长度<=2 facet.by = NULL, #一个字符向量,包含将生存曲线分成多个面板的分组变量的名称。 add.all = FALSE, #一个逻辑值。 如果为TRUE,则在主图中添加合并患者(null model)的生存曲线。 combine = FALSE, # a logical value. If TRUE, combine a list survfit objects on the same plot. ggtheme = theme_survminer(), #主题名称 tables.theme = ggtheme, #主题名称,默认是theme_survminer. ... #后面描述的参数和其他参数将被传递给ggplot2 geom_*()函数,如linetype, size, ii)或ggpar()函数来定制图形。 看到的细节部分 )