如何找到某篇论文的r语言扩展包

2023-04-05 23:27:01Python015

如何找到某篇论文的r语言扩展包,第1张

在r中看函数源代码：

在R中，代码可以分为如下几个级别：

首先，是你输入了函数对象名称，你可以直接看到代码的，如要获得函数对象fivenum的代码，就只需要在Console中键入函数对象名称fivenum就可以得到如下结果：

function (x, na.rm = TRUE)

{

xna <- is.na(x)

if (na.rm)

x <- x[!xna]

else if (any(xna))

return(rep.int(NA, 5))

x <- sort(x)

n <- length(x)

if (n == 0)

rep.int(NA, 5)

else {

n4 <- floor((n + 3)/2)/2

d <- c(1, n4, (n + 1)/2, n + 1 - n4, n)

0.5 * (x[floor(d)] + x[ceiling(d)])

}

<environment: namespace:stats>

从上面的例子可以看出，这类函数对象的代码是最容易看到的，也是我们学习的最好的材料了，而R中最大多数的函数对象是以这种方式出现的。

其次，我们在输入mean这类函数名次的时候，会出现如下结果：

function (x, ...)

UseMethod("mean")

<environment: namespace:base>

这表示函数作者把函数“封”起来了。这个时候我们可以先试一试methods(mean)，利用methods函数看看mean这个函数都有哪些类型的，我们得到的结果如下：

[1] mean.data.frame mean.Date mean.defaultmean.difftime mean.POSIXct mean.POSIXlt

其实对此可以有一个简单的理解，虽然不够精确。因为在R中，mean函数可以求得属于不同类型对象的平均值，而不同类型对象平均值的求法还是有一些小小差异的，比如说求一个向量的平均值和求一个数据框的平均值就有所差异，就要编写多个mean函数，然后“封”起来，以一个统一的mean出现，方便我们使用。这正好也反映了R有一种类似泛型编程语言的性质。

既然我们已经知道mean中还有这么多种类，我们可以输入mean.default试一试就可以得到：

function (x, trim = 0, na.rm = FALSE, ...)

{

if (!is.numeric(x) &&!is.complex(x) &&!is.logical(x)) {

warning("argument is not numeric or logical: returning NA")

return(as.numeric(NA))

}

if (na.rm)

x <- x[!is.na(x)]

trim <- trim[1]

n <- length(x)

if (trim >0 &&n >0) {

if (is.complex(x))

stop("trimmed means are not defined for complex data")

if (trim >= 0.5)

return(stats::median(x, na.rm = FALSE))

lo <- floor(n * trim) + 1

hi <- n + 1 - lo

x <- sort.int(x, partial = unique(c(lo, hi)))[lo:hi]

n <- hi - lo + 1

}

.Internal(mean(x))

}

<environment: namespace:base>

同样就可以得到mean.data.frame、mean.Date、mean.difftime、mean.POSIXct、mean.POSIXlt 的具体内容了。值得注意的是，在R中，出现有多个同样近似功能的函数封装为一个函数的时候（这时候在函数中多半会出现类似UseMethod函数使用的情况），我们不妨先输入mean.default试一试。这种形式的函数在R中一般作为默认的函数表示。

第三，这是一种特殊的情况，有人认为应该和第二种是一类，但是我还是要提出来单独归类。在这种情况也和第二种的原因有些类似，但并不是完全一致。

也许我们大家都很熟悉plot函数了吧，输入函数名plot的时候，我们会得到如下结果：

function (x, y, ...)

{

if (is.null(attr(x, "class")) &&is.function(x)) {

nms <- names(list(...))

if (missing(y))

y <- {

if (!"from" %in% nms)

else if (!"to" %in% nms)

else if (!"xlim" %in% nms)

NULL

}

if ("ylab" %in% nms)

plot.function(x, y, ...)

else plot.function(x, y, ylab = paste(deparse(substitute(x)),

"(x)"), ...)

}

else UseMethod("plot")

}

<environment: namespace:graphics>

请注意plot函数中也出现了UseMethod这个函数，但是和mean不同的是，前面有相当多的语句用于处理其他一些事情。这个时候，我们也使用methods(plot)来看看，得到如下结果：

plot.acf* plot.data.frame*plot.Date* plot.decomposed.ts* plot.default

plot.dendrogram*plot.densityplot.ecdf plot.factor*plot.formula*

plot.hclust*plot.histogram* plot.HoltWinters* plot.isoreg*plot.lm

plot.medpolish* plot.mlmplot.POSIXct* plot.POSIXlt* plot.ppr*

plot.prcomp*plot.princomp* plot.profile.nls* plot.spec plot.spec.coherency

plot.spec.phase plot.stepfunplot.stl* plot.table* plot.ts

plot.tskernel* plot.TukeyHSD

不看不知道，一看吓一跳，还以为我们输入plot的输出就是函数本身，结果也许不是如此。可能有人已经理解了，其实最后的UseMethod函数实在默认的调用plot.default函数，赶快再看看plot.default函数吧，发现它再调用plot.xy函数，再看看plot.xy函数，再plot.xy函数中调用了一个.Internal(plot.xy(xy, type, pch, lty, col, bg, cex, lwd, ...))函数，也许这就是真正起作用的函数了吧。思路基本上就是如此了，是否这个时候您可以获得一些阅读查找R函数内容的乐趣。

除了直接输入FUN.default形式外，还可以使用getS3method(FUN,"default")来获得代码。这样就解决了绝大多数函数代码查看的工作了。

在第二种情况种，我们说了一般可以通过FUN.default获得想要的结果。但是只有称为generic的函数才有这种“特权”。而lm等则没有，不过我们也可以尝试使用methods(lm)来看看结果如何，发现：

[1] lm.fit lm.fit.null lm.influence lm.wfit lm.wfit.null

Warning message:

function 'lm' appears not to be generic in: methods(lm)

出现了警告信息，表示说lm不是泛型函数，但是还是给出了结果lm.fit等，大致上可以看成是和lm相关的系列函数吧。这样子就出现了有趣的局面，比如说既有plot.ts，也有ts.plot。

依照第三种情况，我们发现竟然有的函数用星号标识了的，比如plot.stl*等，当我们输入plot.stl，甚至是plot.stl*的时候都会给出要么找不到这个对象，要么干脆是代码错误的信息。原来凡是用了*标识的函数，都是隐藏起来的函数，估计是怕被人看见（其实这是玩笑话）！我们要看这些函数的代码，我们该怎么办呢？其实也很容易，使用功能强大的getAnywhere(FUN)，看看这个函数的名称，就可以猜想到它的功能估计是很强大的， Anywhere的内容都可以找到！getAnywhere(plot.stl)的结果如下：

A single object matching 'plot.stl' was found

It was found in the following places

registered S3 method for plot from namespace stats

namespace:stats

with value

function (x, labels = colnames(X), set.pars = list(mar = c(0,

6, 0, 6), oma = c(6, 0, 4, 0), tck = -0.01, mfrow = c(nplot,

1)), main = NULL, range.bars = TRUE, ..., col.range = "light gray")

{

sers <- x$time.series

ncomp <- ncol(sers)

data <- drop(sers %*% rep(1, ncomp))

X <- cbind(data, sers)

colnames(X) <- c("data", colnames(sers))

nplot <- ncomp + 1

if (range.bars)

mx <- min(apply(rx <- apply(X, 2, range), 2, diff))

if (length(set.pars)) {

oldpar <- do.call("par", as.list(names(set.pars)))

on.exit(par(oldpar))

do.call("par", set.pars)

}

for (i in 1:nplot) {

plot(X[, i], type = if (i <nplot)

"l"

else "h", xlab = "", ylab = "", axes = FALSE, ...)

if (range.bars) {

dx <- 1/64 * diff(ux <- par("usr")[1:2])

y <- mean(rx[, i])

rect(ux[2] - dx, y + mx/2, ux[2] - 0.4 * dx, y -

mx/2, col = col.range, xpd = TRUE)

}

if (i == 1 &&!is.null(main))

title(main, line = 2, outer = par("oma")[3] >0)

if (i == nplot)

abline(h = 0)

box()

right <- i%%2 == 0

axis(2, labels = !right)

axis(4, labels = right)

axis(1, labels = i == nplot)

mtext(labels[i], side = 2, 3)

}

mtext("time", side = 1, line = 3)

invisible()

}

<environment: namespace:stats>

注意到前面有一段解释型的语言，描述了我们要找的这个函数放在了什么地方等等。其实对任意我们可以在R中使用的函数，都可以先试一试getAnywhere，看看都有些什么内容。算是一个比较“霸道”的函数。

在上面plot.xy函数中，我们还可以看到.Internal这个函数，类似的也许还可以看到.Primitive、.External、.Call等函数这就和R系统内部工作方式和与外部接口的定义有关了，如果对这些函数有兴趣的话，就要学习组成R系统的源代码了。

最后，如果真的想阅读组成R系统本身的源代码，在各个CRAN中均有下载。你可以得到组成R系统所需要的材料。其中很多C语言（还有就是F）的源代码，均是精心挑选过的算法，哪怕就是想学从头到尾编写具体的算法，也是学习的好材料。同时，你可以看到R系统内部是如何构成的，理解了这些对于高效使用R有至关重要的作用。这个范畴的材料就要着重看一看R-Lang和R-inits了。

你是不是用R Gui安装的，提示已经说了缺少quadprog依赖包，

用R Gui安装的话需要先把依赖包一个个安装上，比较麻烦，

可以在Rstudio上安装，

install.packages('tseries')

also installing the dependencies ‘quadprog’, ‘zoo’

trying URL 'https://cran.rstudio.com/bin/windows/contrib/3.3/quadprog_1.5-5.zip'

Content type 'application/zip' length 52439 bytes (51 KB)

downloaded 51 KB

trying URL 'https://cran.rstudio.com/bin/windows/contrib/3.3/zoo_1.7-13.zip'

Content type 'application/zip' length 899932 bytes (878 KB)

downloaded 878 KB

trying URL 'https://cran.rstudio.com/bin/windows/contrib/3.3/tseries_0.10-35.zip'