怎么用gpu跑r语言代码

Python012

怎么用gpu跑r语言代码,第1张

用BLAS库进行。

现在做的DNN、CNN都是在底层把计算转换为矩阵乘法。加速矩阵乘法就是用的BLAS库。很多情况下,application叫做R standard interface,就是单线程实现的矩阵乘的库,可以很容易地把这个库替换下面的部分,既可以替换成GPU加速的cuBLAS库,也可以是多核或多线程的intel的MKL库和OpenBLAS。通过这种方式,可以很快地提高矩阵运算速度。

Linux下有个NVBLAS库,它其实是cuBLAS的wrapper,从它里面就可以调整各种精度的矩阵乘。

它不仅支持单GPU,还支持多GPU。它的主要好处是对code不需要做任何改变,也就是zero programming effort,只需要把NVBLAS库load在前面,这个库就被替换成cuBLAS,跑到GPU上。

所以在做应用程序开发,大家通常有一种思路,如果想加速一个计算,就尝试把这个计算转换成矩阵计算,并加载各种多线程库或并行库,那么程序可以得到很快地提高,这其中不需要太多code的重写。然后看下benchmark,有两种benchmark。

蓝色的线是用原来的的R跑的程序,可以看到运行时间多很多,加载了NVBLAS库以后,运行时间少了很多。其他是一些在很多程序里运用的基础算法。当程序比较依赖于这种基础算法,就可以考虑加载很多并行库,来看程序的运行效果。

ewsa对显卡的要求: 1、NVIDIA显卡 GeForce 8, 9, 200 Series及更高版本 (至少256MB显存)、Quadro FX 4600以后推出的专业绘图卡、TESLA C870,D870,S870,C1060,S1070 需要特别注意的是GeForce 8xxx以后所推出的绘图卡须安装CUDA 182.22以后版本的驱动程序 2、ATI显卡 RADEON HD 3000 Series、RADEON HD 4600 Series、RADEON HD 4800 Series及更高版本、FireStream 9170,9250,9270 FireStream 9170,9250,9270 和N卡一样要注意的是Radeon 3xxx以后所推出的绘图卡须安装CATALYST 9.2以后版本的驱动程序。

数据的数据从哪里来?除了部分企业有能力自己产生大量的数据,大部分时候,是需要靠爬虫来抓取互联网数据来做分析。

网络爬虫是Python的传统强势领域,最流行的爬虫框架Scrapy,HTTP工具包urlib2,HTML解析工具beautifulsoup,XML解析器lxml,等等,都是能够独当一面的类库。

不过,网络爬虫并不仅仅是打开网页,解析HTML这么简单。高效的爬虫要能够支持大量灵活的并发操作,常常要能够同时几千甚至上万个网页同时抓取,传统的线程池方式资源浪费比较大,线程数上千之后系统资源基本上就全浪费在线程调度上了。Python由于能够很好的支持协程(Coroutine)操作,基于此发展起来很多并发库,如Gevent,Eventlet,还有Celery之类的分布式任务框架。被认为是比AMQP更高效的ZeroMQ也是最早就提供了Python版本。有了对高并发的支持,网络爬虫才真正可以达到大数据规模。

抓取下来的数据,需要做分词处理,Python在这方面也不逊色,著名的自然语言处理程序包NLTK,还有专门做中文分词的Jieba,都是做分词的利器。

数据处理

万事俱备,只欠东风。这东风,就是数据处理算法。从统计理论,到数据挖掘,机器学习,再到最近几年提出来的深度学习理论,数据科学正处于百花齐放的时代。数据科学家们都用什么编程?

如果是在理论研究领域,R语言也许是最受数据科学家欢迎的,但是R语言的问题也很明显,因为是统计学家们创建了R语言,所以其语法略显怪异。而且R语言要想实现大规模分布式系统,还需要很长一段时间的工程之路要走。所以很多公司使用R语言做原型试验,算法确定之后,再翻译成工程语言。

Python也是数据科学家最喜欢的语言之一。和R语言不同,Python本身就是一门工程性语言,数据科学家用Python实现的算法,可以直接用在产品中,这对于大数据初创公司节省成本是非常有帮助的。正式因为数据科学家对Python和R的热爱,Spark为了讨好数据科学家,对这两种语言提供了非常好的支持。

Python的数据处理相关类库非常多。高性能的科学计算类库NumPy和SciPy,给其他高级算法打了非常好的基础,matploglib让Python画图变得像Matlab一样简单。Scikit-learn和Milk实现了很多机器学习算法,基于这两个库实现的Pylearn2,是深度学习领域的重要成员。Theano利用GPU加速,实现了高性能数学符号计算和多维矩阵计算。当然,还有Pandas,一个在工程领域已经广泛使用的大数据处理类库,其DataFrame的设计借鉴自R语言,后来又启发了Spark项目实现了类似机制。

对了,还有iPython,这个工具如此有用,以至于差点把他当成标准库而忘了介绍。iPython是一个交互式Python运行环境,能够实时看到每一段Python代码的结果。默认情况下,iPython运行在命令行,可以执行ipython notebook在网页中运行。用matplotlib绘制的图可以直接嵌入式的显示在iPython Notebook中。

iPython Notebook的笔记本文件可以共享给其他人,这样其他人就可以在自己的环境中重现你的工作成果如果对方没有运行环境,还可以直接转换成HTML或者PDF。

为什么是Python

正是因为应用开发工程师、运维工程师、数据科学家都喜欢Python,才使得Python成为大数据系统的全栈式开发语言。

对于开发工程师而言,Python的优雅和简洁无疑是最大的吸引力,在Python交互式环境中,执行import this,读一读Python之禅,你就明白Python为什么如此吸引人。Python社区一直非常有活力,和NodeJS社区软件包爆炸式增长不同,Python的软件包增长速度一直比较稳定,同时软件包的质量也相对较高。有很多人诟病Python对于空格的要求过于苛刻,但正是因为这个要求,才使得Python在做大型项目时比其他语言有优势。OpenStack项目总共超过200万行代码,证明了这一点。

对于运维工程师而言,Python的最大优势在于,几乎所有Linux发行版都内置了Python解释器。Shell虽然功能强大,但毕竟语法不够优雅,写比较复杂的任务会很痛苦。用Python替代Shell,做一些复杂的任务,对运维人员来说,是一次解放。

对于数据科学家而言,Python简单又不失强大。和C/C++相比,不用做很多的底层工作,可以快速进行模型验证和Java相比,Python语法简洁,表达能力强,同样的工作只需要1/3代码和Matlab,Octave相比,Python的工程成熟度更高。不止一个编程大牛表达过,Python是最适合作为大学计算机科学编程课程使用的语言——MIT的计算机入门课程就是使用的Python——因为Python能够让人学到编程最重要的东西——如何解决问题。