R语言ggtree画圆形的树状图展示聚类分析的结果

Python017

R语言ggtree画圆形的树状图展示聚类分析的结果,第1张

那么圆形的树状图如何实现呢？我查找了一下相关资料。

R语言包 dendextend 这个包可以实现，利用 help(package="dendextend") 查看帮助文档，能够看到其中的一个小例子

但是这个后期美化起来好像不太方便。

还找到了一个参考链接是

http://talgalili.github.io/dendextend/articles/dendextend.html

介绍的也是 dendextend 这个包的用法。

这个时候再运行上面提到的例子就可以直接得到结果

把树的形状改为圆形，添加样本的名称

鸢尾花数据集是150个样本，用圆形的图看下效果

最终的结果是

这里关于最外圈文本位置的调整，我还的再仔细看看，这里出图后位置不太合适，我是手动调整的！

文章较长，点击直达我的 博客 ，浏览效果更好。

本文内容基本是来源于 STHDA ，这是一份十分详细的 ggplot2 使用指南，因此我将其翻译成中文，一是有助于我自己学习理解，另外其他R语言爱好者或者可视化爱好者可以用来学习。翻译过程肯定不能十全十美，各位读者有建议或改进的话，十分欢迎发 Email ( [email protected] )给我。

ggplot2 是由 Hadley Wickham 创建的一个十分强大的可视化R包。按照 ggplot2 的绘图理念，Plot(图)= data(数据集)+ Aesthetics(美学映射)+ Geometry(几何对象)：

在 ggplot2 中有两个主要绘图函数：qplot()以及ggplot()。

由 ggplot2 绘制出来的ggplot图可以作为一个变量，然后由print()显示出来。

根据数据集， ggplot2 提供不同的方法绘制图形，主要是为下面几类数据类型提供绘图方法：

安装 ggplot2 提供三种方式：

加载

本文将使用数据集 mtcars 。

qplot()类似于R基本绘图函数plot(),可以快速绘制常见的几种图形：散点图、箱线图、小提琴图、直方图以及密度曲线图。其绘图格式为：

其中：

也可以添加平滑曲线

还有其他参数可以修改，比如点的形状、大小、颜色等

箱线图

小提琴图

点图

直方图

密度图

上文中的qplot()绘制散点图：

在ggplot()中完全可以如下实现：

改变点形状、大小、颜色等属性

绘图过程中常常要用到转换(transformation),这时添加图层的另一个方法是用stat_*()函数。

下例中的geom_density()与stat_density()是等价的

等价于

使用数据集wdata，先计算出不同性别的体重平均值

先绘制一个图层a,后面逐步添加图层

可能添加的图层有：

改变颜色

可以通过修改不同属性如透明度、填充颜色、大小、线型等自定义图形：

使用以下函数：

根据sex修改颜色，将sex映射给line颜色

修改填充颜色以及透明度

添加均值线以及手动修改颜色

将sex映射给颜色

手动修改颜色

y轴显示为密度

修改颜色以及线型

将sex映射给线颜色

修改填充颜色

使用数据集mtcars， 先创建一个ggplot图层

可能添加的图层有：

将变量cyl映射给点的颜色和形状

自定义颜色

可以添加回归曲线

散点图+回归线

使用loess方法

将变量映射给颜色和形状

使用数据集 faithful

实际上 geom_jitter() 是 geom_point(position="jitter") 的简称,下面使用数据集 mpg

增加抖动防止重叠

其中两个参数：

参数label用来指定注释标签

使用数据集 diamonds

创建ggplot图层,后面再逐步添加图层

可添加的图层有：

geom_bin2d() 将点的数量用矩形封装起来，通过颜色深浅来反映点密度

设置bin的数量

geom_hex()依赖于另一个R包 hexbin ，所以没安装的先安装：

修改bin的数目

主要是如何通过线来连接两个变量，使用数据集 economics 。

先创建一个ggplot图层，后面逐步添加图层

可添加的图层有：

使用数据集 ToothGrowth ,其中的变量len(Tooth length)是连续变量，dose是离散变量。

创建图层

可添加的图层有：

添加有缺口的箱线图

按dose分组映射给颜色

将dose映射给填充颜色

按supp进行分类并映射给填充颜色

添加中值点

与箱线图结合

将dose映射给颜色进行分组

添加中值点

直接谷歌一下，“时间序列分析

R语言”，就能得到你想要的结果

以下结果来自，

作者：詹鹏 2012-9-20

22:46:46

【包】

library(zoo)           

#时间格式预处理

library(xts)

           #同上

library(timeSeires)     

#同上

library(urca)          

#进行单位根检验

library(tseries)        

#arma模型

library(fUnitRoots)    

#进行单位根检验

library(FinTS)       

 #调用其中的自回归检验函数

library(fGarch)       

#GARCH模型

library(nlme)         

#调用其中的gls函数

library(fArma)       

#进行拟合和检验

【基本函数】

数学函数

abs，sqrt：绝对值，平方根

log,

log10,

log2

,

exp：对数与指数函数

sin，cos，tan，asin，acos，atan，atan2：三角函数

sinh，cosh，tanh，asinh，acosh，atanh：双曲函数

简单统计量

sum,

mean,

var,

sd,

min,

max,

range,

median,

IQR（四分位间距）等为统计量，sort，order，rank与排序有关，其它还有ave，fivenum，mad，quantile，stem等