在这之前我们学习了聚类分析的基本概念、几种计算层次聚类的方法、进一步解读和比较层次聚类结果以及非层次聚类，这些聚类方法都是基于物种多度数据对样方进行分组，当然这些聚类方法也可以用于其他类型数据，特别是环境数据，所以本次就是介绍用 环境数据来进行聚类分析 。
本次的内容不多，主要分为两个部分：
我们之前学习的主要是内部的准则（例如轮廓法或其他聚类质量指数）都是仅仅依赖物种数据，还不足以选择最佳样方聚类结果。选择最终的聚类结果有时也需要基于生态学解释。生态学解释可视为样方聚类的外部验证。
下面的我们将学习用 样方聚类簇为因子 去对 解释变量进行方差分析 。
尽管在方差分析中，是将物种组成数据获得的聚类的分组结果作为解释变量，但是从生态学角度去分析，实际上是寻找环境因子对样方的分组的解释 。
以下可以使用作者编写的通用函数，执行方差分析的多重比较和显示带有字母的环境变量分组后箱线图多重比较结果。不同字母表示组间有显著差异（按中位线递减顺序组）。
基于上面这些分析和图示，能确定这组鱼类群落的生态习性。
当然，我们也可以基于环境变量对样方进行聚类（类似获得生境类型的分组），然后通过指示种分析（以后会讲）检验不同生境内物种分布是否有差异。指示种分析过程中基于不同的生境类型物种需要逐个分析。因此，需要考虑多个物种指示种分析时会产生多重检验的统计学问题。
另外，作为替代方案，之后第6章会提出基于排序的多元方法，也可以直接描述和检验物种-生境关系。请期待。
要是想直接比较分别基于物种数据和环境数据的样方聚类结果该怎么办呢？
同时列联表分析同样适用于比较分别基于物种数据和分类（定性）解释变量数据的样方聚类结果。
用环境数据进行比较的内容就是这些，虽然不是很多，但是要联系之前学习的才能更好的掌握它，所以还是有难度的，主要是用 外部数据进行类型比较（方差分析途径）和双类型比较（列联表分析 两部分内容，好好学习掌握他。
谢谢你的阅读，请期待下一期数量生态学：R语言的应用 第四章 聚类分析5—聚类物种集合
《数量生态学：R语言的应用》第三章-R模式
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R语言教程是指导使用R语言的手册，用于统计分析，图形表示和报告的编程语言和软件环境。
R语言由Ross Ihaka和Robert Gentleman在新西兰奥克兰大学创建，目前由R语言开发核心团队开发。R语言在GNU通用公共许可证下免费提供，并为各种操作系统（如Linux，Windows和Mac）提供预编译的二进制版本。
这种编程语言被命名为R语言，基于两个R语言作者的名字的第一个字母（Robert Gentleman和Ross Ihaka），并且部分是贝尔实验室语言S的名称。
适用人群
本教程是为期待使用R编程开发统计软件的软件程序员，统计学家和数据挖掘者设计的。如果你试图理解R编程语言作为一个初学者，本教程将给你足够的了解语言的几乎所有的概念，从那里你可以把自己的更高水平的专业知识。
学习前提
在继续学习本教程之前，您应该基本了解计算机编程术语。对任何编程语言的基本理解将帮助您理解R语言编程概念，并在学习轨道上快速移动。
