byte最后一次读取的长度比之前的要小。所以你byte数组尾巴那几位不是空的，是前一次读取的尾部。
设置长度是42或者更大时，你的byte数组一次性就把内容全部读取完了。while只执行一次，而设置为小于42的时候，就会多次执行while，把新读取的字节存放到byte数组中去。但是你最后一次的长度不是正好你设置的12而是6，所以新读取的6长度字节不能完全替换byte数组中前一次的数据。只能替换掉6个。因为数组长度是12，所以后6位还保存着前一次（倒数第二次读取）的数据。
可以这样修改，希望你能看懂。
int len = 0 // 字节长度while((len = fis.read(b))>0){ // 将读取到的长度记录下来
fos.write(b,0,len) // 读取了多长的字节就写入多长的字节
}
内存中的表现不管他，知道一次读多少就好啦！字符：二个字节
字节：一个字节
例：你现在要读一个汉字（以二个字节来存，既：一个字符）的“汉”。
1.用字符流读：一次读二个字节，那么你就可以完全读取到它，并存到你想存的地方。
2.用字节流读：一次读一个字节，那么你要读二次你才完全得读取到了这个汉字。不然就读取到了半个（一个汉字二个字节中的一个字节），那你说这半个（一个字节）是什么东西？我想这并不是你想要的吧。
还有一点挺有用的，就是在字符流中你可以一次读取一行（readline()），这我想对于我们来说是一个不错的方法吧。
