.NET是微软的平台，微软系统收费，但更新也比较快。上手容易些。支持多种类型的项目开发（web,软件，app），而且现在.net又出了一个开源版本 mono，初步来看都非常不错。发展个十年二十年的，完全没有问题。
JAVA 号称开源，免费，跨平台，安全性高。所以一些大企业更偏向于使用java做系统开发。java也是支持多种类型的项目开发。但上手难度稍微大一点。而且，java其实是有收费版，被oracle收购后，他们对java核心的开发中更偏向于把免费部分和收费部分混淆在一起。之前就出过多起因java收费部分的版权问题被oracle告上法院，收取侵权费的案件。但是，因为java的开源免费跨平台的特性，以及目前广泛的应用，短期也不会有没落的问题。
java目前最流行的应该是web和android应用两方面，学好了，就职薪资不低。
.net方面薪资水平就有高有低。
你可以两个都熟悉下，看哪个更容易上手，再去选择。然后做哪方面，都要自己下足功夫，才有最终的出路
各有各的用处：java可以在各种系统上运行，其实.net也有这个潜力，只不过里面的一些和windows api相关的类就不能用了，网络方面的类应该是可以很好运行的。.net有一套开发工具，可以提高开发速度。
如果是比较大型的应用的话，还是java比较适合。不过java对服务器的要求一般比较高。.net有一套MS自成体系的东西（windows + sql server + office + .net +...)他们之间没有兼容性问题。java的话老是会遇到些兼容问题。.net依赖的windows价格还可以。linux是免费的，但是如果大型应用用IBM的话，简直是天价。 .net比较新，借鉴了java，不能否认.net是比java先进
j2ee的优势：
1.j2ee应用程序服务器一般集成了很多组件程序：
web server, jms, app server. ejb component 封装得比.net组件要多些，它可以进行事务处理，persistence等功能。
2..net组件没法完成事务处理功能，要进行事务处理，必须用COM+的transaction processing function. .net中没有异步消息功能(i.e. jms function),在COM+中可以用消息队列来完成这样的功能。.net对数据库的处理功能，ado.net是面向无连接的应用，但事务处理等功能需要自己编写程序或用在数据库中处理。.net web server, .net framework等各server不是集成在一起，多少有些不方便。 以上是认为.net相对来说比较不方便的地方。 .net的优势
1..net的元数据功能强大。
2.部署非常方便。
3.side by side execution,解决了版本问题，允许多版本共存，resolved dll hell.
4. This is a remarkable one, code behind technology.
5. Also a remarkable one, easier Web Service development and deployment.
6. back compatible,对以前产品的兼容，如果用java,以前用com+实现的东西就会变成一堆废品。
7. vsa，方便开发script application.可以开发一个应用程序象office一样有一个script editor.这点很诱人。
8. .net speech technology,前景广阔，call center中大有前途，和Voice xml竞争产品，version1.0马上要release了。
ms以前有Smart Card sdk1.1,但在.net中好像还没有实现。而Java Card非常好用，j2me功能觉得还不够强大，同时.net在这方面也还不是很强大。.Net最大的优势是简单和window结合紧密 java的优势在于跨平台和大型企业应用。
