R语言ggtree画圆形的树状图展示聚类分析的结果

Python053

R语言ggtree画圆形的树状图展示聚类分析的结果,第1张

那么圆形的树状图如何实现呢？我查找了一下相关资料。

R语言包 dendextend 这个包可以实现，利用 help(package="dendextend") 查看帮助文档，能够看到其中的一个小例子

但是这个后期美化起来好像不太方便。

还找到了一个参考链接是

http://talgalili.github.io/dendextend/articles/dendextend.html

介绍的也是 dendextend 这个包的用法。

这个时候再运行上面提到的例子就可以直接得到结果

把树的形状改为圆形，添加样本的名称

鸢尾花数据集是150个样本，用圆形的图看下效果

最终的结果是

这里关于最外圈文本位置的调整，我还的再仔细看看，这里出图后位置不太合适，我是手动调整的！

圆点的意思是所有表达式里还没出现过的变量。

对应你的例子就是 mtcars 里所有变量。再比如 y ~ . -x1 -x2 的意思就是使用数据里除 x1、x2 以外的所有变量。

使用polygon进行纯色填充。其中density为填充的阴影线的密度，angle为阴影线的斜率。值得注意的是，当你需要纯色填充时，density和angle可以忽略不写。然后border为边框的颜色。同时border也可以是逻辑。即FALSE相当于NULL，TRUE相当于为前景色。