使用R获取DNA的反向互补序列

Python016

使用R获取DNA的反向互补序列,第1张

前面跟大家聊了一下 ☞R如何reverse一个字符串 ,其实这个只能实现反向,那怎么样才能实现互补呢?其实获取DNA的反向互补序列这个事情本身并不是很难。有很多网页工具都能够实现,我随便在网上搜了一下就找到3个。我这里只是想结合R语言来解决我们生物信息里面的一些小问题,帮助大家理解R。我们还是用上次的DNA序列来举例

如果大家只是想解决这个问题,可以使用下面提到的三个网页工具

1. https://www.bioinformatics.org/sms/rev_comp.html

你的序列贴进对话框,点击SUBMIT就能得到方向互补序列

2. https://arep.med.harvard.edu/labgc/adnan/projects/Utilities/revcomp.html

你会发现这个工具不仅可以得到反向互补序列,还可以得到反向序列,互补序列,看你自己的需求是什么。将你的序列贴进对话框,点击reverse complement就能得到反向互补序列

3. http://www.cellbiol.com/cgi-bin/complement/rev_comp.cgi

将你的序列贴进对话框,点击Do the Job!就可以得到反向互补序列了

接下来我们用R语言来实现这个功能,我还是给大家介绍两种不同的方法。一种是比较原始一点的方法。第二种是站在前人的肩膀上,使用已有的R包来实现。

1.使用strsplit,rev,paste等R自带的函数来实现

2.使用mgsub包中的mgsub函数

参考资料: R如何reverse一个字符串

1、reverse英[rɪˈvɜːs]美[rɪˈvɜːrs]。

2、v.颠倒彻底转变使完全相反撤销,废除(决定、法律等)使反转使次序颠倒

3、n.相反的情况(或事物)后面背面反面倒挡

4、adj.相反的反面的反向的背面的后面的

5、[例句]You should reverse the order of these pages.你该把这几页的顺序颠倒过来。

6、[其他]第三人称单数:reverses 复数:reverses 现在分词:reversing 过去式:reversed 过去分词:reversed。