导入函数包psych

library()这个函数是把括号内包含的函数包导入，然后才可以运用psych中的一些现成的函数or模型。

psych函数包好像是一个和心理学等有关的函数包，Rstudio里给的psych函数包的定义如下：

A general purpose toolbox for personality, psychometric theory and experimental psychology. Functions are primarily for multivariate analysis and scale construction using factor analysis, principal component analysis, cluster analysis and reliability analysis, although others provide basic descriptive statistics. Item Response Theory is done using factor analysis of tetrachoric and polychoric correlations. Functions for analyzing data at multiple levels include within and between group statistics, including correlations and factor analysis. Functions for simulating and testing particular item and test structures are included. Several functions serve as a useful front end for structural equation modeling. Graphical displays of path diagrams, factor analysis and structural equation models are created using basic graphics. Some of the functions are written to support a book on psychometric theory as well as publications in personality research. For more information, see the <https://personality-project.org/r>web page.

上述英文来自：网页链接

安装R包报错的问题从一开始学生信就一直存在着，但是没有专门整理一下，前两天安装 CHIPseeker 的时候实在受不了了，因为碰见了好多坑，于是在这里专门整理一下，方便自己和他人查看

到这里已经没太有耐心了，然后开始查原因，后面应该加一个 type = "binary"

再试一下

成功解决，安装 XML 时同样也是这个问题 ，跟上面是一种解决方式

安装 TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene 就不能用 biocLite 了

解决办法

解决：去 lib_PATH下把lock文件删掉

这里是 问题 5 的 参考

老版本R，在这里MARK以下

虽然讨论了一些R包安装问题，但这应（jue）该（dui）不会是我最后一次安装报错，以后再遇到会更新的

Iretara  12-17 21:18

以例题的形式简述R语言基础知识

# 读取文件

setwd(" 文件链接的时候，用  /  ")

install.packages(" readxl ")

library(readxl)

library (tidyverse)

hw1_a<- read_excel ("hw1_a.xlsx", col_types=c("numeric", "numeric", "numeric", "numeric", "numeric") )

hw1_b<- read_excel ("hw1_b.xlsx")

#读取csv

library(readr)

hw1_a<- read_csv ("/")

View(hw1_a)

# 描述型函数

hw1_a + hw1_b 表

#描述最小值，最大值，中值，均值，标准差

Str (hw1_a) #查看数据并指出各个 变量的形式

summary (hw1_a) #指出各个变量的形式， 最小值，最大值，中值，均值

library(psych)

describe (hw1_a) #比summary更简便的方法， 可以直接读取标准差等；但是，使用describe不可读取 NA值, 可以尝试使用 Hmisc包中 describe

描述型函数-R

# 连接

hw1_a %>% inner_join (hw1_b, by ="ID")

hw1_a %>% left_join (hw1_b, by ="ID")

hw1_a %>% right_join (hw1_b, by ="ID")

hw1_a %>% full_join (hw1_b, by ="ID")

inner_join<- inner_join (hw1_a,hw1_b, by =“ID”) #报告合并后的 总行数 ，178行

full_join<- full_join (hw1_a,hw1_b, by ="ID")

( nrow (full_join)) #报告合并后的 总行数 ，200行

>  length (full_join$ID)

#找出各个列的 缺失值

i<-NA

a<-NA

for(i in 1:length(full_join[1,])){ a[i]<- sum(is.na( full_join[,i] ) ) }

paste("缺失值是",a)

#缺失值总数

sum(is.na(full_join))

#删除缺失值 na.omit()

full_join1=filter(full_join,!is.na(full_join[2]))

full_join1=filter(full_join1,!is.na(full_join1[3]))

full_join1=filter(full_join1,!is.na(full_join1[4]))

full_join1=filter(full_join1,!is.na(full_join1[5]))

full_join1=filter(full_join1,!is.na(full_join1[6]))

full_join1=filter(full_join1,!is.na(full_join1[7]))

full_join1=filter(full_join1,!is.na(full_join1[8]))

sum(is.na(full_join1))

找出Income中的 极端值 并滤掉对应行的数据

quantile (hw1_a$Income,c(0.025,0.975))

hw1_a2= filter (hw1_a,Income>14168.81 &Income<173030.92)

#使用dplyr进行数据转换

arrange()

>arrange (hw1_a,Income) #默认升序

>arrange(hw1_a, desc (Income)) #desc降序，NA排序一般最后

select()

>select (hw1_a, - (Years_at_Address:Income)) #不要变量

>rename (hw1_a, In_come=Income) #改名

>select（hw1_a,Income, exerything ()） #把Income放在前面

拓例题1：

library(nycflights13)

view(flights)

#counts

（1）

not_cancelled <- flights %>%

filter(! is.na(dep_delay), !is.na(arr_delay))

（2）

not_cancelled %>%

group_by (year,month,day) %>%

summarize (mean=mean(dep_delay))

（3）

delays <- not_cancelled %>%

group_by (tailnum) %>%

summarize (delay=mean(arr_delay))

ggplot (data=delays,mapping=aes(x= delay))+

geom_freqpoly (binwidth=10) #freqpoly

（4）

delays <- not_cancelled %>%

group_by(tailnum) %>%

summarize(delay=mean(arr_delay,na.rm=TRUE), n=n() ) #tailnum的次数

ggplot(data=delays,mapping=aes(x= n, y=delay))+

geom_point(alpha=1/10)

拓例题2：

#请按照价格的均值，产生新的变量price_new, 低于均值为“低价格”，高于均值为“高价格”。 同样对市场份额也是，产生变量marketshare_new, 数值为“低市场份额”和“高市场份额”

price=data1$price

pricebar=mean(price)

price_new= ifelse (price>pricebar,“高价格”,”低价格”)

marketshare=data1$marketshare

marketsharebar=mean(marketshare)

marketshare_new=ifelse(marketshare>marketsharebar ,“高市场份额”,”低市场份额”)

data1= mutate (data1,price_new,marketshare_new)

#可视化

#将Income 对数化

lninc<- log (hw1_a$Income)

#画出直方图和 density curve密度曲线

hist (lninc,prob=T)

lines ( density (lninc),col="blue")

# 添加额外变量 的办法，在 aes()中添加 样式 (color、size、alpha、shape)

ggplot(data=inner_join)+

geom_point(mapping = aes(x=Years_at_Employer,y= Income, alpha= Is_Default))

# 按照Is_Default 增加一个维度，使用明暗程度作为区分方式

ggplot(data=inner_join)+

geom_point(mapping = aes(x=Years_at_Employer,y= Income,

alpha=factor( Is_Default ) ))

#使用形状作为另外一种区分方式

ggplot(data=inner_join)+

geom_point(mapping = aes(x=Years_at_Employer,y= Income,

shape=factor( Is_Default)))

可视化-R

​

​

拓展：

#将 flight1 表和 weather1 表根据共同变量进行内连接，随机抽取 100000 行数据， 将生产的结果保存为 flight_weather。 (提示：sample_n()函数，不用重复抽取)

flight_weather <- inner_join(flight1, weather1) %>% sample_n(100000)

# 从 flight_weather表中对三个出发机场按照平均出发延误时间排降序，并将结果保留在 longest_delay表中。把结果展示出来

longest_delay<- flight_weather %>%

group_by(origin) %>%

summarize(delay=mean(dep_delay, na.rm=TRUE )) %>%

arrange(desc(delay))

#根据不同出发地（origin）在平行的 3 个图中画出风速 wind_speed（x 轴）和出发 延误时间 dep_delay（y 轴）的散点图。

ggplot(data= flight_weather) +

geom_point(mapping=aes(x=wind_speed,y=dep_delay))+

facet_grid(.~origin, nrow = 3 ) # 按照class分类，分成3行

#根据 flight_weather 表，画出每个月航班数的直方分布图，x 轴为月份，y 轴是每个 月份航班数所占的比例。

ggplot(data=flight_weather)+

geom_bar(mapping=aes(x=month, y=..prop .., group=1))

#根据 flight_weather 表，画出每个月航班距离的 boxplot 图，x 轴为月份，y 轴为 航行距离, 根据的航行距离的中位数从低到高对 x 轴的月份进行重新排序

ggplot(data=flight_weather)+

geom_boxplot(mapping=aes(x= reorder (month,distance,FUN=median),y=distance))

线性回归

# 以Income作为因变量，Years at Employer作为自变量，进行 OLS回归

m1<- lm (Income ~ Years_at_Employer,data=hw1_a)

#通过***判断显著性

summary (m1)

#画出拟合直线

ggplot(data= hw1_a)+

geom_point(aes(x=Income,y=Years_at_Employer))+

geom_abline(data= m1,col= "blue")

#证明拟合直线是最优的

b0=runif(20000,-5,5)

b1=runif(20000,-5,5)

d<-NA

sum<-NA

n<-1

while(n<=20000){

for(i in 1:24){

d[i]<-(hw1_a $ Income[i]-b0[n]-b1[n]*hw2$ Years_at_Employer[i])^2}

sum[n]<-sum(d)

n<-n+1

}

resi=m1$residuals

resi2=sum(resi^2)

check=sum(as.numeric(sum<resi2))

check