python数据分析之主成分分析

Python029

python数据分析之主成分分析,第1张

主成分分析,又称PCA,是指将多个变量通过线性变换以后选出较少个重要变量的一种多元统计方法。

主成分分析计算步骤:

1、计算协方差矩阵

2、求出相应的特征值及相应的正交化单位向量

3、选择主成分

4、计算主成分载荷

5、计算主成分得分

回顾了下PCA的步骤,并用python实现。深刻的发现当年学的特征值、特征向量好强大。

PCA是一种无监督的学习方式,是一种很常用的降维方法。在数据信息损失最小的情况下,将数据的特征数量由n,通过映射到另一个空间的方式,变为k(k<n)。

这里用一个2维的数据来说明PCA,选择2维的数据是因为2维的比较容易画图。

这是数据:

画个图看看分布情况:

协方差的定义为:

假设n为数据的特征数,那么协方差矩阵M, 为一个n n的矩阵,其中Mij为第i和第j个特征的协方差,对角线是各个特征的方差。

在我们的数据中,n=2,所以协方差矩阵是2 2的,

通过numpy我们可以很方便的得到:

得到cov的结果为:

array([[ 0.61655556, 0.61544444],

[ 0.61544444, 0.71655556]])

由于我们之前已经做过normalization,因此对于我们来说,

这个矩阵就是 data*data的转置矩阵。

得到结果:

matrix([[ 5.549, 5.539],

[ 5.539, 6.449]])

我们发现,其实协方差矩阵和散度矩阵关系密切,散度矩阵 就是协方差矩阵乘以(总数据量-1)。因此他们的 特征根 特征向量 是一样的。这里值得注意的一点就是,散度矩阵是 SVD奇异值分解 的一步,因此PCA和SVD是有很大联系的,他们的关系这里就不详细谈了,以后有机会再写下。

用numpy计算特征根和特征向量很简单,

但是他们代表的意义非常有意思,让我们将特征向量加到我们原来的图里:

其中红线就是特征向量。有几点值得注意:

蓝色的三角形就是经过坐标变换后得到的新点,其实他就是红色原点投影到红线、蓝线形成的。

得到特征值和特征向量之后,我们可以根据 特征值 的大小,从大到小的选择K个特征值对应的特征向量。

这个用python的实现也很简单:

从eig_pairs选取前k个特征向量就行。这里,我们只有两个特征向量,选一个最大的。

主要将原来的数据乘以经过筛选的特征向量组成的特征矩阵之后,就可以得到新的数据了。

output:

数据果然变成了一维的数据。

最后我们通过画图来理解下数据经过PCA到底发生了什么。

绿色的五角星是PCA处理过后得到的一维数据,为了能跟以前的图对比,将他们的高度定位1.2,其实就是红色圆点投影到蓝色线之后形成的点。这就是PCA,通过选择特征根向量,形成新的坐标系,然后数据投影到这个新的坐标系,在尽可能少的丢失信息的基础上实现降维。

通过上述几步的处理,我们简单的实现了PCA第一个2维数据的处理,但是原理就是这样,我们可以很轻易的就依此实现多维的。

用sklearn的PCA与我们的pca做个比较:

得到结果:

用我们的pca试试

得到结果:

完全一致,完美~

值得一提的是,sklearn中PCA的实现,用了部分SVD的结果,果然他们因缘匪浅。

有些Python小白对numpy中的常见函数不太了解,今天小编就整理出来分享给大家。

Numpy是Python的一个科学计算的库,提供了矩阵运算的功能,其一般与Scipy、matplotlib一起使用。其实,list已经提供了类似于矩阵的表示形式,不过numpy为我们提供了更多的函数。

数组常用函数

1.where()按条件返回数组的索引值

2.take(a,index)从数组a中按照索引index取值

3.linspace(a,b,N)返回一个在(a,b)范围内均匀分布的数组,元素个数为N个

4.a.fill()将数组的所有元素以指定的值填充

5.diff(a)返回数组a相邻元素的差值构成的数组

6.sign(a)返回数组a的每个元素的正负符号

7.piecewise(a,[condlist],[funclist])数组a根据布尔型条件condlist返回对应元素结果

8.a.argmax(),a.argmin()返回a最大、最小元素的索引

改变数组维度

a.ravel(),a.flatten():将数组a展平成一维数组

a.shape=(m,n),a.reshape(m,n):将数组a转换成m*n维数组

a.transpose,a.T转置数组a

数组组合

1.hstack((a,b)),concatenate((a,b),axis=1)将数组a,b沿水平方向组合

2.vstack((a,b)),concatenate((a,b),axis=0)将数组a,b沿竖直方向组合

3.row_stack((a,b))将数组a,b按行方向组合

4.column_stack((a,b))将数组a,b按列方向组合

数组分割

1.split(a,n,axis=0),vsplit(a,n)将数组a沿垂直方向分割成n个数组

2.split(a,n,axis=1),hsplit(a,n)将数组a沿水平方向分割成n个数组

数组修剪和压缩

1.a.clip(m,n)设置数组a的范围为(m,n),数组中大于n的元素设定为n,小于m的元素设定为m

2.a.compress()返回根据给定条件筛选后的数组

数组属性

1.a.dtype数组a的数据类型

2.a.shape数组a的维度

3.a.ndim数组a的维数

4.a.size数组a所含元素的总个数

5.a.itemsize数组a的元素在内存中所占的字节数

6.a.nbytes整个数组a所占的内存空间7.a.astype(int)转换a数组的类型为int型

数组计算

1.average(a,weights=v)对数组a以权重v进行加权平均

2.mean(a),max(a),min(a),middle(a),var(a),std(a)数组a的均值、最大值、最小值、中位数、方差、标准差

3.a.prod()数组a的所有元素的乘积

4.a.cumprod()数组a的元素的累积乘积

5.cov(a,b),corrcoef(a,b)数组a和b的协方差、相关系数

6.a.diagonal()查看矩阵a对角线上的元素7.a.trace()计算矩阵a的迹,即对角线元素之和

以上就是numpy中的常见函数。更多Python学习推荐:PyThon学习网教学中心。