怎么用r语言进行dna序列分析

Python023

怎么用r语言进行dna序列分析,第1张

有现成的包：matchprobes包 里面有个函数basecontent(seq)计算4中碱基每种的含量；

自己做的话：

#List是你的序列

unlist(strsplit(List,""))->sep.letter#把每个字母都单独分开

#遍历所有字母

count_a=0count_g=0count_t=0count_c=0

for(i in 1:length(sep.letter)){

if(sep.letter[i]=="a"){count_a=count_a+1}

if(sep.letter[i]=="g"){count_g=count_g+1}

.........................

}

1、分析数据表：通过浏览“入库明细”表，我们可能看到入库明细表中，作为提取记录的条件零件号在A列。

需要提取的记录，入库日期在H列、入库单号在O列、最后生产批号在L列、入库前库存数在Q列。为DC000496ZL的记录有5条（截图中的4条是指上面有4条）。

2、列出提取条件及项目：在sheet1中，将A列放置提取条件（即零件号）。在B、C、D、E列分别写上提取项目名称：入库日期、入库单号、最后生产批号、入库前库存数。

3、写公式：在最后入库日期项目下B2中输入公式：=MAX((入库明细!$A$2:$A$26=$A2)*(入库明细!$H$2:$H$26))，这是一个数组公式，请用三键确认（ctrl+shift+enter)。

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上图是一个简单的例子，b为一矩阵，现在想统计第二列中数值等于1的元素个数，首先做一个逻辑判断，即b[,2]==1，得到一个由布尔变量true和false组成的向量。

此时只需要知道true的数量，由于对布尔变量求和，true转化为1，false转化为0，故对该向量求和即可得到true的数量，即b[,2]中等于1的数量。