生物背景入门生物信息学,需要补哪些计算机知识?

Python015

生物背景入门生物信息学,需要补哪些计算机知识?,第1张

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学会Linux的基础操作,譬如常见的ls,grep,less,ark等即可。当然最开始接触Linux的时候会各种不习惯,比较好的学习手段是把自己的笔记本装成Linux,大多数人喜欢mate界面的fedora。然后在Linux里听歌看电影,如果写文档就用虚拟机或者bps。这么用个1-2个月就比较舒服了。学一门编程语言,会简单的文本处理。现在知乎上首推python,据说语法清晰入门简单。认认真真看个1个月加练习,基本上普通的文本处理就没什么问题了。本条目可以和第一条一起用,在Linux下用python有加乘效果。如果想稍微进阶一下,需要学习和了解常见的数据结构,譬如什么是二叉树,什么是哈希表,什么是链表,哈希碰撞是怎么产生的,链表相对数组有哪些性能优劣等等。这些基础数据结构大概花费几天即可掌握,不需要深入。如果在处理文本时能使用恰当的数据结构,则会事半功倍。那么如果能花1-2个月把上述问题都搞明白了,顺便做个简单的项目,譬如写个fast.Oz的过滤脚本,那么后面的进度就很简单了。目前主流二代测序的数据分析本质来说也就是用些开源软件倒腾下然后网上找公开数据库折腾。并没有多高的技术壁垒。反而是对生物学意义的理解更为重要。最后,编写代码方面,需要一些技能是光上一点基础课学不来的,必须在战争中学习战争。比如说会写了python或者C,java,但是还是需要一些高级技术以及技术细节。之前在做测序数据分析的时候要求写成并行的程序,这样服务器跑起来快,免得结果等好几天。如此种种还有很多,解决程序运行中出现的形形色色的幺蛾子需要扎实的经验积累。

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生信菜鸟团上大学之后,我上网找资料时发现的第一个博客就是生信菜鸟团,里面包罗万象,涵盖很多方面(初次发现时,就感觉自己进入了新的天地)rabbit gao's blog  我超喜欢这个师兄的博客里面的笔记,很直观,尤其是python那部分。他是以代码的形式展示内容。沈梦圆博客梦圆师姐,和我一样喜欢用熊猫头像,她的博客也是刚刚建立不长时间。师姐的文笔很赞,看里面博文相信对你有帮助的。生信日志|鸣一道鸣一道师兄的博客我比较喜欢的是R做图那一块plob这个我比较少看,不过内容也不错,我后续再写上这个博客的描述。陈连福博客 听说连福老师有开培训班,实力自然也不差。糗世界←欢迎来到糗糗的世界糗世界主要包括:序列比对与NGS  R/bioconductorcircos教程,其中糗世界关于R和bioconductor以及NGS的归纳总结特别详尽生信客部落生信客部落是我自己的博客,刚建不久(2016.9.3建的),我目前在准备考研,打理的时间不多。但相信是一只潜力股,有提升的空间。也欢迎博友们交换 "友情链接".hope博客  hope 他(她)有一篇关于生物信息学在线工具的总结,我特别喜欢科研动力“endnote使用宝典”,专注写endnote相关的内容。(注:endnote 是文献管理的软件,插入引用文献的神器)biochen生物伯臣生物里也蛮多归纳整理的Bob's Blog   bob这位兄弟的博客我接触不多,我后续补上描述.论坛(包括生信论坛和其他一些相关的网站):生信技能树生信技能树前面那个师兄有详细描述过。我也亲眼见证了它从无到有的过程,看着生信技能树感觉特别亲切,感觉就像自家的孩子一样。我自己由于准备考研和书写毕业论文的事情,在生信技能树建设的参与度不高。总之,好喜欢......生物信息学天空内容超全的一个生信论坛丁香园(生信板块)丁香园,就不解释了,一个国内最成功的论坛之一。医学生基本都知道的一个论坛。小木虫小木虫,里面蛮多资源的,也是国内最成功的论坛之一生物统计家园描述待输入...基因堂描述待输入biostars这是一个生信问答网站生信刷题网站ROSALIND | About 这个是一个生物信息的刷题网站,超多实战题(纯英文,既提高英语水平,又训练了自己的实战能力,何乐而不为)。实战走起......生物信息学在线工具网站生信客部落生物信息工具整合(包含在线工具与离线工具)–更新中这里面包含了一些生物信息学可视化工具,包含在线的工具和一些离线的可视化工具,由于目前个人水平有限,所以还有待继续完善