如何用R语言的ggplot画分组堆叠图,也就是既分组又堆叠?

Python038

如何用R语言的ggplot画分组堆叠图,也就是既分组又堆叠?,第1张

画出的图上 工具栏上有个向左的 黑色箭头 点击下 就可以对图形编辑了。点击菜单栏insert 选择text 在点击你要的地方 就可以了。

如果在编程中 可以 text(a,b, 'c ')

a为X的坐标

b为Y 的坐标

c为你要的写的字

前面我给大家详细介绍过

☞GO简介及GO富集结果解读

☞四种GO富集柱形图、气泡图解读

☞GO富集分析四种风格展示结果—柱形图,气泡图

☞KEGG富集分析—柱形图,气泡图,通路图

☞ DAVID GO和KEGG富集分析及结果可视化

也用视频给大家介绍过

☞ GO和KEGG富集分析视频讲解

最近有粉丝反映说,利用clusterProfiler这个包绘制GO富集分析气泡图和柱形图的时候,发现GO条目的名字都重叠在一起了。

气泡图

柱形图

这个图别说美观了,简直不忍直视。经过我的认真研究,发现跟R版本有关。前面我给大家展示的基本都是R 3.6.3做出来的图。很多粉丝可能用的都是最新版本的R 4.1.2。

我们知道R的版本在不停的更新,相应的R包也在不停的更新。我把绘制气泡图和柱形图相关的函数拿出来认真的研究了一下,终于发现的症结所在。

dotplot这个函数,多了个 label_format 参数

我们来看看这个参数究竟是干什么用的,看看参数说明

label_format :

a numeric value sets wrap length, alternatively a custom function to format axis labels. by default wraps names longer that 30 characters

原来这个参数默认值是30,当标签的长度大于30个字符就会被折叠,用多行来展示。既然问题找到了,我们就来调节一下这个参数,把他设置成100,让我们的标签可以一行展示。

是不是还是原来的配方,还是熟悉的味道

同样的柱形图,我们也能让他恢复原来的容貌。

关于如何使用R做GO和KEGG富集分析,可参考下文

GO和KEGG富集分析视频讲解

ggplot2:不用说,画图神器

reshape2:变形,整合

stringr:处理字符串

lubridate:处理时间

RODBC:链接数据库

plyr:拆分,合并,重组。

knitr:谢益辉,自动化报告包

ggmap:ggplot2+map的一个包,主要用来画地图,但是ggplot2的功能也都有

animation:谢益辉,动画包

formatR:谢益辉,整理代码的包

googleVis:利用google的API,可以生成动态气泡图之类

data.table:大的数据,用它取子集等,不怎么会。