r语言如何读取otu丰度表

Python014

r语言如何读取otu丰度表,第1张

qiime2会直接给出各个分类水平的丰度表,用R语言也可以从otu表中抽提出各个水平的丰度表。

读取otu丰富度

代码思路:

1 strsplit后,phylum不是na也不是""则记下,否则记行数到delete

2 添加phylum列,删除注释列和记到delete的phylum

3 按Phylum排序,获取Phylum unique列表

4提取第一个phylum所有行到新表,apply列求和

5遍历剩下的phylum列表,提取每个phylum,apply按列求和,添加到新表

6 数据归一化,保存

拓展:

R语言读取Excel文件的各种方法

最近初学R语言,在R语言读入EXCEL数据格式文件的问题上遇到了困难,经过在网上搜索解决了这一问题,下面归纳几种方法,供大家分享:

第一: R中读取excel文件中的数据的路径

假定在您的电脑有一个 excel 文件,原始的文件路径是: D:workdata1

如果直接把这个路径拷贝到R中,就会出现错误,原因是:

是escape character(转义符),\才是真正的字符,或者用/

因此,在R中有两种方法读取该路径:

1:在R中输入一下路径: D:\work\data\1 2:在R中输入一下路径: D:\work\data\1 第二: R中读取excel文件中的数据的方法 :

read.table(),read.csv(),read.delim()直接读取EXCEl文件时,都会遇到一下问题:“在读取‘.xls’的TableHeader时遇到不完全的最后一行”。解决的方法有以下几种:假如文件1.1中是一个6乘以2的矩阵,元素为:

方法1: xls另存为csv格式然后用read.csv :

具体过程如下:

>data<-read.csv("D:\work\data\1.csv") >data X1 X23 1 2 24 2 3 25 3 4 26 4 5 27 5 6 28 >data<-read.csv("D:\work\data\1.csv",header = F) >data V1 V2 1 1 23333 2 2 24 3 3 25 4 4 26 5 5 27 6 6 28 >data<-read.csv("D:\work\data\1.csv",header = T) >data X1 X23333 1 2 24 2 3 25 3 4 26 4 5 27 5 6 28 也就是说 header = T(TURE)是默认的状态 ,在这默认状态下,输出的data矩阵是一个5乘以2的矩阵,第一行作为了data的名字,如果 header = F(FALSE), 则会现实原始的矩阵结果。

方法2: xls另存为txt格式然后用read.table : 如例子所示:

>data<-read.table("D:\work\data\1.txt",header = T) >data X1 X23 1 2 24 2 3 25 3 4 26 4 5 27 5 6 28

>data<-read.table("D:\work\data\1.txt",header = F) >data V1 V2 1 1 23 2 2 24 3 3 25 4 4 26 5 5 27 6 6 28 方法3:打开EXCEL,全选里面的内容,点击复制,然后在R中输入一下命令:数据分析培训

data <- read.table("clipboard", header = T, sep = 't') 结果如下所示:

>data <- read.table("clipboard", header = T, sep = 't') >data X1 X23 1 2 24 2 3 25 3 4 26 4 5 27 5 6 28 >data <- read.table("clipboard", header = F, sep = 't') >data V1 V2 1 1 23 2 2 24 3 3 25 4 4 26 5 5 27 6 6 28 使用这种方法的时候一定要注意复制!剪切板里面没有内容是无法运行的!

公众号的读者留言问答的问题,首先他的数据集如下

1 这个是数据集按行求平均

2 这个是数据集中按行求标准差

3 这个公式的计算方法是先按照行求平均值得到一个向量a,按行求标准差得到一个向量b,最后是按照列来进行abs(x-a)/b

4 这个公式就是把3得到的新数据集按照行求和然后再除以数据的维度

readxl 包用来读取数据

tidyverse 用来操作数据

readxl 中的 read_excle() 函数好像没有指定某一列作为行名的函数,所以我给原始数据添加一个表头

读取数据

小明的数据分析笔记本