【R语言】解决GO富集分析绘图,标签重叠问题

Python010

【R语言】解决GO富集分析绘图,标签重叠问题,第1张

前面我给大家详细介绍过

☞GO简介及GO富集结果解读

☞四种GO富集柱形图、气泡图解读

☞GO富集分析四种风格展示结果—柱形图,气泡图

☞KEGG富集分析—柱形图,气泡图,通路图

☞ DAVID GO和KEGG富集分析及结果可视化

也用视频给大家介绍过

☞ GO和KEGG富集分析视频讲解

最近有粉丝反映说,利用clusterProfiler这个包绘制GO富集分析气泡图和柱形图的时候,发现GO条目的名字都重叠在一起了。

气泡图

柱形图

这个图别说美观了,简直不忍直视。经过我的认真研究,发现跟R版本有关。前面我给大家展示的基本都是R 3.6.3做出来的图。很多粉丝可能用的都是最新版本的R 4.1.2。

我们知道R的版本在不停的更新,相应的R包也在不停的更新。我把绘制气泡图和柱形图相关的函数拿出来认真的研究了一下,终于发现的症结所在。

dotplot这个函数,多了个 label_format 参数

我们来看看这个参数究竟是干什么用的,看看参数说明

label_format :

a numeric value sets wrap length, alternatively a custom function to format axis labels. by default wraps names longer that 30 characters

原来这个参数默认值是30,当标签的长度大于30个字符就会被折叠,用多行来展示。既然问题找到了,我们就来调节一下这个参数,把他设置成100,让我们的标签可以一行展示。

是不是还是原来的配方,还是熟悉的味道

同样的柱形图,我们也能让他恢复原来的容貌。

关于如何使用R做GO和KEGG富集分析,可参考下文

GO和KEGG富集分析视频讲解

1、解压压缩包到go工作目录,如解压到E:\opensource\go\go,解压后的目录结构如下:E:\opensource\go\go├─api├─bin│├─go.exe│├─godoc.exe│└─gofmt.exe├─doc├─include├─lib├─misc├─pkg├─src└─test2、增加环境变量GOROOT,取值为上面的go工作目录3、Path环境变量中添加"%GOROOT%\bin",以便能够直接调用go命令来编译go代码,至此go编译环境就配置好了注:如果不想手动设置系统环境变量,也可下载go启动环境批处理附件,修改goenv.bat文件中的GOROOT值为上面的go工作目录后直接双击该bat文件,go编译环境变量即设置完成。4、测试go编译环境,启动一个cmd窗口,直接输入go,看到下面的提示就是搭建成功了E:\opensource\go\go>goGoisatoolformanagingGosourcecode.Usage:gocommand[arguments]Thecommandsare:buildcompilepackagesanddependenciescleanremoveobjectfilesdocrungodoconpackagesourcesenvprintGoenvironmentinformationfixrungotoolfixonpackagesfmtrungofmtonpackagesourcesgetdownloadandinstallpackagesanddependenciesinstallcompileandinstallpackagesanddependencieslistlistpackagesruncompileandrunGoprogramtesttestpackagestoolrunspecifiedgotoolversionprintGoversionvetrungotoolvetonpackagesUse"gohelp[command]"formoreinformationaboutacommand.Additionalhelptopics:gopathGOPATHenvironmentvariablepackagesdescriptionofpackagelistsremoteremoteimportpathsyntaxtestflagdescriptionoftestingflagstestfuncdescriptionoftestingfunctionsUse"gohelp[topic]"formoreinformationaboutthattopic.5、编译helloworld测试程序,go语言包中test目录带有helloworld.go测试程序,源码见"附一helloworld.go",直接调用"gobuildhelloworld.go"就生成了"helloworld.exe"可执行程序,运行一下这个程序看到了我们期望的hello,wolrd。E:\opensource\go\go\test>gobuildhelloworld.goE:\opensource\go\go\test>helloworld.exehello,worldE:\opensource\go\go\test>附一helloworld.go//cmpout//Copyright2009TheGoAuthors.Allrightsreserved.//UseofthissourcecodeisgovernedbyaBSD-style//licensethatcanbefoundintheLICENSEfile.//Testthatwecandopage1oftheCbook.packagemainfuncmain(){print("hello,world\n")}