method 1
1.创建file.R文件
2.文件首行
#!/path/to/Rscript
3.在下面的行中键入R代码
4.保存（如果有png（），jpeg（）等函数代码最后一定要dev.off()）
5.在file.R的工作目录下，在终端中输入以下命令
R CMD BATCH --args file.R
method 2
1.创建R脚本
2.文件首行
#!/usr/bin/env Rscript
3.终端输入以下命令
R CMD BATCH --args file.R
或者 Rscript file.R
chmod 755 file.R
./file.R
method 3
1.在file.sh文件中键入：
#!/bin/sh
R --slave [other option]<<EOF
R 代码
EOF
chmod 755 file.sh
./file.sh
method 4
回归R环境
>source("/homeR/file.R")
新建方法
1.进入Rsudio界面就选择打开file-New Project-New Directory-New Project-设置名称，保存文件夹
2..建立一个文件夹，复制之前的.Rproj,修改自己想要的名字，进入Rsudio界面就选择打开file-open Project，选择刚刚新建的.Rproj
最最重点是后面所有文件读取，需要读取的文件放到工作目录，再用需要的函数可以直接读取，默认为工作目录下操作，我要用ReadAffy读取CEL文件，就把CEL文件放入我的工作目录，然后直接读取就可以了，见下图
4.脚本、数据、图片的默认保存位置，也是文件读取的默认位置—工作目录
最后谢谢曾老师和小洁老师耐心指导，菜鸟上线，很容易一学就忘，但是不要紧，办法总比困难多！
保存为简单txt文本。R代码是指使用R语言时书写的代码。R是一套完整的数据处理、计算和制图软件系统。其功能包括：数据存储和处理系统；数组运算工具（其向量、矩阵运算方面功能尤其强大）；完整连贯的统计分析工具；优秀的统计制图功能；简便而强大的编程语言：可操纵数据的输入和输出，可实现分支、循环，用户可自定义功能。
R作为一种统计分析软件，是集统计分析与图形显示于一体的。它可以运行于UNIX，Windows和Macintosh的操作系统上，而且嵌入了一个非常方便实用的帮助系统。
