R语言行名有重复不能读入的解决方法(笔记)

Python010

R语言行名有重复不能读入的解决方法(笔记),第1张

读入数据的时候遇到行名有重复而报错的情况,如下图

mydata<-read.table("data_RNA_Seq_v2_mRNA_median_ Zscores.txt", header = T, row.names=1, check.names = F)

报错:Error in read.table("data_RNA_Seq_v2_mRNA_median _Zscores.txt", header = T,  :   'row.names'里不能有重复的名字

此时可以使用base包中的make.names()函数

使用方法:

1.先不设置行名将数据读进去

mydata<-read.table("data_RNA_Seq_v2_mRNA_median_ Zscores.txt", header = T, check.names = F)

2.使用make.names函数将第一列作为行名

row.names(mydata<-make.names(mydata[,1],TRUE)

关于make.names函数的使用方法可以通过?make.names获得

3. 删除第一列

mydata<-mydata[,-1]

4.查看数据前五行前五列看是否行名修改完成

mydata[1:5,1:5]

操作错误,或者损坏

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RAW格式是数码相机的专用格式,是真正意义上的“电子底片”。RAW格式也是体现数码影像极致质量的唯一的格式。RAW格式是由感光元件直接获取的原始数据,它以12位、14位或22位二进制记录数据。严格地说RAW格式不是图像文件,而是一个数据包,这个数据包不经过相机内的影像生成器的转换。通常情况下不同型号的相机拍摄出来的RAW格式的图片必须使用这个相机厂商提供的软件才可以准确转换出我们的拍摄数据。目前Photoshop可以打开RAW格式的图片。

杀杀

记录一些R语言读入数据的方法还有可能遇到的问题~

读入数据时,需要先了解数据文件的类型(也就是看后缀)。一般就能够知道数据的类型和分隔符等信息。

另外,如果能够用excel预览一下数据的话,可以先看看数据是否有行列名。有些数据会有两列的行名,如基因名-基因id-表达值······,特殊的数据需要额外的处理。

还需要注意一下matrix和data.frame的数据结构,matrix中只能有一种数据类型,这意味着如果在读入数据时不进行合适的处理,R会将数值强行读成字符型,造成读数据的错误。

当用excel存储过之后,再用R处理时,会提示你行名重复,其实根本没有重复。因此建议不要用excel保存这种数据,一定要编辑可以使用notepad++或者ultra edit等软件。

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read.xx的函数是R的内置函数,可以直接读取,并且设置一些参数

这些函数读取后都默认为data.frame,如果需要矩阵请使用as.matrix转换。

一定要赋值,不然R语言会把大大的矩阵print出来。

如果是没怎么见过的类型:

这个函数会自动识别你的分隔符,并且把第一行设为列名,但是没办法指定行名,需要读入以后自己设置

跟read.delim类似,可以读各种类型的文件以及非常大的文件:

读取后默认是一种data.table的数据类型,需要通过as.matrix/as.data.frame转换后使用。

像perl语言一样,逐行读取数据具有很大的优势

(万一文件超多行对吧)对于那种几个G的文件,全部读进来可能会导致你的电脑死机,所以我们可以先读几百行进来看看,或者分批读取,这样不会占用电脑太大内存,读取方法和上文的一次性读入有所不同-随便找个文件举例:

接下来继续读入数据,比如说我现在想读4行,因为文件是txt类型,所以分隔设为\t

第一种:把excel中所有sheet的表格读入为data.frame,并分别命名为每个sheet的名称

---请忽略硬核打码

第二种:把excel中所有sheet的表格读入为矩阵,并放进一个list中

R语言批量读文件

批量读excel的xlsx文件原理是和读其它文件一样的。

学到了新的会持续更新哟~