一般情况下做CS结构的系统很少会用到Java的，Java做的比较多的是大型的网站系统、信息管理系统等等。Java的优势就是夸平台、速度快。
你想像Google地图、某城市的旅游地图、交通地图啊等等的，这些系统的客户会出现在不同的位置、使用不同的机器、系统，不可能让客户使用前去安装一个客户端，那样是笨拙的、不方便的，所以这些系统就会做成BS机构的，这时候用Java做就有优势了。
你说方不方便也是要看你做把地图做成什么程度了，像简单的拖拽、缩放、测量、定位、框选这些都很容易的，你要搞了复杂一些的话就要下些功夫去研究那些框架了。这方面深层的帮助文档好像不多，毕竟这方面的应用不是那么普及。
希望对您有帮助！
GIS 是地理信息系统，一般来讲是一套集数据显示、存储、分析等操作的计算机程序，当然GIS是基于并随着计算机技术发展而发展的。现在的GIS主要是分单机GIS，网络GIS和移动GIS。Java是计算机编程技术，是用来构建应用程序或网站，分为JavaSE（标准版），JavaEE（企业版）和JavaME（移动版）。
你要说他们之间的关系，就目前现在应用而言，我觉得：其一，网络GIS可以用JavaEE技术来进行搭建。比如开发网站来加载显示地图数据，分析等等，像Google Map。其二，基于Android进行Mobile GIS的开发，因为Android开发是基于Java语言的，所以Java的优势就在于与Android的结合。比如高德地图
