发展历史
R是统计领域广泛使用的诞生于1980年左右的S语言的一个分支。可以认为R是S语言的一种实现。而S语言是由AT&T贝尔实验室开发的一种用来进行数据探索、统计分析和作图的解释型语言。最初S语言的实现版本主要是S-PLUS。S-PLUS是一个商业软件，它基于S语言，并由MathSoft公司的统计科学部进一步完善。后来新西兰奥克兰大学的Robert Gentleman和Ross Ihaka及其他志愿人员开发了一个R系统。由“R开发核心团队”负责开发。R可以看作贝尔实验室（AT&T BellLaboratories）的RickBecker，JohnChambers和AllanWilks开发的S语言的一种实现。当然,S语言也是S-Plus的基础。所以,两者在程序语法上可以说是几乎一样的,可能只是在函数方面有细微差别,程序十分容易地就能移植到一程序中,而很多一的程序只要稍加修改也能运用于R。
R语言的特点
R作为一种统计分析软件，是集统计分析与图形显示于一体的。它可以运行于UNIX,Windows和Macintosh的操作系统上，而且嵌入了一个非常方便实用的帮助系统，相比于其他统计分析软件，R还有以下特点：
1.R是自由软件。这意味着它是完全免费,开放源代码的。可以在它的网站及其镜像中下载任何有关的安装程序、源代码、程序包及其源代码、文档资料。标准的安装文件身自身就带有许多模块和内嵌统计函数,安装好后可以直接实现许多常用的统计功能。
2.R是一种可编程的语言。作为一个开放的统计编程环境,语法通俗易懂,很容易学会和掌握语言的语法。而且学会之后,我们可以编制自己的函数来扩展现有的语言。这也就是为什么它的更新速度比一般统计软件,如,SPSS,SAS等快得多。大多数最新的统计方法和技术都可以在R中直接得到。
3. 所有R的函数和数据集是保存在程序包里面的。只有当一个包被载入时,它的内容才可以被访问。一些常用、基本的程序包已经被收入了标准安装文件中,随着新的统计分析方法的出现,标准安装文件中所包含的程序包也随着版本的更新而不断变化。在另外版安装文件中,已经包含的程序包有：base一R的基础模块、mle一极大似然估计模块、ts一时间序列分析模块、mva一多元统计分析模块、survival一生存分析模块等等.
4.R具有很强的互动性。除了图形输出是在另外的窗口处，它的输入输出窗口都是在同一个窗口进行的，输入语法中如果出现错误会马上在窗口口中得到提示,对以前输入过的命令有记忆功能,可以随时再现、编辑修改以满足用户的需要。输出的图形可以直接保存为JPG,BMP,PNG等图片格式,还可以直接保存为PDF文件。另外,和其他编程语言和数据库之间有很好的接口。
5.如果加入R的帮助邮件列表一,每天都可能会收到几十份关于R的邮件资讯。可以和全球一流的统计计算方面的专家讨论各种问题,可以说是全世界最大、最前沿的统计学家思维的聚集地.
R是基于S语言的一个GNU项目，所以也可以当作S语言的一种实现，通常用S语言编写的代码都可以不作修改的在R环境下运行。 R的语法是来自Scheme。R的使用与S-PLUS有很多类似之处，这两种语言有一定的兼容性。S-PLUS的使用手册，只要稍加修改就可作为R的使用手册。所以有人说：R，是S-PLUS的一个“克隆”。
但是请不要忘了：R是免费的。R语言源代码托管在github，具体地址可以看参考资料。
R语言的下载可以通过CRAN的镜像来查找。
R语言有域名为.cn的下载地址，有六个，其中两个由Datagurn，由中国科学技术大学提供的。R语言Windows版，其中由两个下载地点是Datagurn和USTC提供的。
开始一个新的R语言数据分析新项目，管理脚本、图片、文件的推荐方式：打开Rstudio，新建Rproject，新建脚本（脚本存放在生成的Rproject文件夹中）。
若要逆着优先顺序操作，将返回NA
x %in%y是判断x中的每一个元素是否在y中存在。
若x和y长度不一致，返回x个TRUE或者FALSE。
⚠️练习：按如下方式生成test数据框，提取test中，最后一列值为a或c的行，组成一个新的数据框，赋值给test2。
这里如果使用==来判断，就相当于拿test$n的15个值与c('a','c')的2个值来一一对应着比对，因为两者长度不同，会发生循环补齐，其效果如下图，明显不是我们想要的结果。
x%in%y：选出x是y中一个值时的所有行
另：取交集、差集、并集的函数为：intersect(x,y)、union(x,y)、setdiff(x,y)、setdiff(y,x)
match函数的用法参考： https://blog.csdn.net/woodcorpse/article/details/84927296
使用match函数修改矩阵的信息
方法1--设置CRAN镜像：打开R studio，点击tools--global option--packages，选择Package CRAN reposotory。
方法2--设置CRAN和bioconductor镜像
用于读取/导出文件的R包
rio可以不用区分读入文件类型，大部分文件可直接用import()读取。
@ 是R中，S4类的一个操作符， 用于提取S4对象中的内容（slot） ，比如：
这个时候$是不起作用的，因为被S4类重写了。可以自己定义$的行为。
⚠️： matrix不能直接用$取列
⚠️因此如果想取数据框中的部分行，在方括号中直接输入行数即可，返回的仍然是数据框。但如果加了逗号，会丧失数据框的格式，也就是会使数据框的行名（往往是基因名）丢失。
后面存图时可以用paste0连接GSE编号和图片类型及后缀，这样不同数据的分析得到的图片名就跟数据相一致。
通过将变量因子化来设置柱条的顺序
是的。每次使用程序包都必须首先加载。比如：library(rootSolve)
library(tm)
在R中加载包是非常容易的，有两个函数可以做到：library 和 require。他们之间有一些细微的差别，主要的区别在于 require 会返回一个布尔值(True或False)来表示被加载的包是不是可用，而 library 函数会根据调用方式不同而有不同返回结果（这点在本书不重要）。要加载这些包可以用library或require任意一种。
