如果shell脚本和java程序运行在不同的服务器上，可以使用远程执行Linux命令执行包，使用ssh2协议连接远程服务器，并发送执行命令就行了，ganymed.ssh2相关mave配置如下，你可以自己百度搜索相关资料。
如果shell脚本和java程序在同一台服务器上，
这里不得不提到java的process类了。
process这个类是一个抽象类，封装了一个进程（你在调用linux的命令或者shell脚本就是为了执行一个在linux下执行的程序，所以应该使用process类）。
process类提供了执行从进程输入，执行输出到进程，等待进程完成，检查进程的推出状态，以及shut down掉进程。
<dependency><groupId>com.ganymed.ssh2</groupId>
<artifactId>ganymed-ssh2-build</artifactId>
<version>210</version>
</dependency>
本地执行命令代码如下：
String shpath="/test/test.sh" //程序路径Process process =null
String command1 = “chmod 777 ” + shpath
process = Runtime.getRuntime().exec(command1)
process.waitFor()
用shell脚本怎样编译java工程
编译java工程一般直接用IDE或者用Ant、Maven之类的工具，很少有人用纯shell来编译java工程。正好遇到这样一个应该，用这篇博文做一下记录。
案例：用eclipse写了一个java project，然后编译打成jar包。
这个可以采用eclipse自带的Export就可以导出jar了。但是为了软件自动化等巴拉巴拉的原因，采用存shell脚本编译。
如图所示，java project的名称为iec104，下面src是源文件目录，bin是所引用的jar包目录，现在要进行编译，并且打成jar，如果对jar有所了解，都知道jar有个MANIFEST.MF文件，iec104工程的MF文件内容如下：
就是制定了运行的main-class(有public static void main(String args[])的类)。
将这个文件拷贝到iec104的根目录下，然后执行脚本compile.sh，内容如下：
#!/bin/bash
cur_dir=$(pwd)
echo $cur_dir
function do_compile_iec104(){
# echo $cur_dir
iec104=$cur_dir/iec104
iec104_src=$cur_dir/iec104/src
iec104_bin=$cur_dir/iec104/bin
# echo $iec104_src
# echo $iec104_bin
iec104_class=$cur_dir/iec104/class
# 将iec104的src目录下的所有java文件的名称存入到iec104/src/sources.list文件中
rm -rf $iec104_src/sources.list
find $iec104_src -name "*.java" >$iec104_src/sources.list
cat $iec104_src/sources.list
# $iec104_class是存放编译的class文件的目录
rm -rf $iec104_class
mkdir $iec104_class
# 这里开始编译java文件，注意这里的-encoding utf-8，刚开始并没有加入这个，然后就报了一堆错误，纠结了很久才发现，这里给各位提个醒了。
javac -d $iec104_class -encoding utf-8 -classpath $iec104_bin/classes12.jar:$iec104_bin/junit-4.10.jar:$iec104_bin/log4j-1.2.17.jar:$iec104_bin/mysql-connector-java-5.0.5-bin.jar:$iec104_bin/RXTXcomm.jar -g -sourcepath $iec104_src @$iec104_src/sources.list
# 由于用到了log4j，所以要将log4j的配置文件一并放入，如果没有用到，可以忽略这句
cp $iec104_src/log4j.properties $iec104_class
# 如果原来在iec104目录下有jar报就删除掉，因为要生成新的
rm $iec104/iec104.jar
# 这里要cd到存放class的目录，否则如果采用绝对路径编译，编译出来的jar包里面就是绝对路径了，这样就会有问题
# jar -cvfm $iec104/iec104.jar $iec104/MANIFEST.MF $iec104_class/*这样是错误的
cd $iec104_class
jar -cvfm $iec104/iec104.jar $iec104/MANIFEST.MF *
# 赋予可执行权限
sudo chmod a+x $iec104/iec104.jar
}
do_compile_iec104
exit 0
运行这个脚本（linux下）就可以编译并且在iec104的目录下就可以看到iec104.jar文件了。
这里补充下java命令的基本知识：
javac 用于编译Java文件，格式为：
java [options] [sourcefiles] [@files]
其中：
options：命令行选项；
sourcefiles：一个或多个要编译的源文件；
@files：一个或多个对源文件进行列表的文件，有时候要编译的文件很多，一个个敲命令会显得很长，也不方便修改，可以把要编译的源文件列在文件中，在文件名前加@，这样就可以对多个文件进行编译，对编译一个工程很有用，方便，省事。
有几个比较重要的选项：
-d 用于指定编译成的class文件的存放位置，缺省情况下不指定class文件的存放目录，编译的class文件将和源文件在同一目录下；
-classpath 可以简写成-cp，用于搜索编译所需的class文件，指出编译所用到的class文件的位置，如jar、zip或者其他包含class文件的目录，指定该选项会覆盖CLASSPATH的设定；
-sourcepath用于搜索编译所需的源文件（即java文件），指定要搜索的源文件的位置，如jar、zip或其他包含java文件的目录；
需要注意windows下和linux下文件路径分隔符和文件列表（即-classpath和-sourcepath指定的文件）分隔符的区别：
windows下文件路径分隔符用 \ ，文件列表分隔符用分号
linux下文件路径分隔符用 / ，文件列表分隔符用冒号 :
