【R语言作图】富集分析结果直方图

Python010

【R语言作图】富集分析结果直方图,第1张

最近小Q在做自然选择分析，分析完之后简单粗暴的对候选基因做了富集分析，并做了展示，比起气泡图，我模仿了另一种作图方式，显示效果更佳。所以想在此分享一下如何用R语言画富集分析示意图（非气泡图）。

利用ggplot2+grid包进行画图，采用分面的思想作图。

最终效果图：

撰文 &编辑：VickieQ

校对：HCLO4 &花毛

那么圆形的树状图如何实现呢？我查找了一下相关资料。

R语言包 dendextend 这个包可以实现，利用 help(package="dendextend") 查看帮助文档，能够看到其中的一个小例子

但是这个后期美化起来好像不太方便。

还找到了一个参考链接是

http://talgalili.github.io/dendextend/articles/dendextend.html

介绍的也是 dendextend 这个包的用法。

这个时候再运行上面提到的例子就可以直接得到结果

把树的形状改为圆形，添加样本的名称

鸢尾花数据集是150个样本，用圆形的图看下效果

最终的结果是

这里关于最外圈文本位置的调整，我还的再仔细看看，这里出图后位置不太合适，我是手动调整的！

那个最佳答案说的跟这个问题没有关系。我在学习r语言的线性回归的时候遇到了这个问题。这个图是用来判断你对回归模型的线性假设是否成立的。看法如下：

按照书上所说就是：“

若图形存在非线性，则说明你可能对预测变量的函数形式建模不够充分，

那么就需要添加一些曲线成分，比如多项式项，或对一个或多个变量进行变换(如用log(X)代

替X)，或用其他回归变体形式而不是线性回归。

”

按照别人的说法就是：看图中的两条线，红色虚线和绿色实线是否接近。接近了就说明模型是线性的（这是在RStudio中做出的成分残差图）。