用R画弧形图（Arc Diagram）

Python016

用R画弧形图（Arc Diagram）,第1张

在前几篇里我用cytoscape软件构建了网络图（ 如何将WGCNA导出的基因共表达网络进行可视化 ），见下图。但是看上去好像什么信息也看不出来，因为基因和基因之间的connectivity实在是太多了，全都糊在一起，看不出有哪些基因位于网络的中心，或者说看不出哪些基因和其他基因的联系很多。

当然你可以把cytoscape里的每一个基因的degree.layout导出来，里面有每一个基因有多少条edge与其相连，然后做一个bar图（ 用R画Circular barplot图 ）,但是对于图里的数字（比如60和20）并没有非常直观的展示。偶然看到里一篇文章写的非常好（ R数据可视化18:弧形图 ）,做出的图形是这样的：

弧形图需要的数据是从cytoscape里导出的，你也可以自己制作（如果数据不多的话）：

导出的表长这样：

我们需要的是这个表的“name”列。你需要在excel里把“ (interacts with) ”替换成空格（注意括号两边也有空格），这一步在excel里相当简单，就不赘述了。替换完成后的表长这样：

现在得到的表格就是我们需要的。

不好描述。R96的圆心：以O为圆心，以（96-24）为半径画弧，得到与过O点垂线距46直线的交点，即为圆心。R40的圆心：以O为圆心，以（24+40）为半径画弧，在该弧线上以R40为半径，画与基座相切的圆弧，即可。