函数attach() 除了可以用目录路径作为参数,也可以使用数据框。假定数据框lentils 有三个变量lentils$u, lentils$v, lentils$w,那么>attach(lentils)将把数据框绑定在搜索路径的位置。如果位置1没有变量u, v 或w,那么u, v 和w 直接在数据框中访问。
R是统计领域广泛使用的诞生于1980年左右的S语言的一个分支。可以认为R是S语言的一种实现。而S语言是由AT&T贝尔实验室开发的一种用来进行数据探索、统计分析和作图的解释型语言。最初S语言的实现版本主要是S-PLUS。S-PLUS是一个商业软件,它基于S语言,并由MathSoft公司的统计科学部进一步完善。
R是一种可编程的语言。作为一个开放的统计编程环境,语法通俗易懂,很容易学会和掌握语言的语法。而且学会之后,我们可以编制自己的函数来扩展现有的语言。这也就是为什么它的更新速度比一般统计软件,如,SPSS,SAS等快得多。大多数最新的统计方法和技术都可以在R中直接得到。
开始一个新的R语言数据分析新项目,管理脚本、图片、文件的推荐方式:打开Rstudio,新建Rproject,新建脚本(脚本存放在生成的Rproject文件夹中)。
若要逆着优先顺序操作,将返回NA
x %in%y是判断x中的每一个元素是否在y中存在。
若x和y长度不一致,返回x个TRUE或者FALSE。
⚠️练习:按如下方式生成test数据框,提取test中,最后一列值为a或c的行,组成一个新的数据框,赋值给test2。
这里如果使用==来判断,就相当于拿test$n的15个值与c('a','c')的2个值来一一对应着比对,因为两者长度不同,会发生循环补齐,其效果如下图,明显不是我们想要的结果。
x%in%y:选出x是y中一个值时的所有行
另:取交集、差集、并集的函数为:intersect(x,y)、union(x,y)、setdiff(x,y)、setdiff(y,x)
match函数的用法参考: https://blog.csdn.net/woodcorpse/article/details/84927296
使用match函数修改矩阵的信息
方法1--设置CRAN镜像:打开R studio,点击tools--global option--packages,选择Package CRAN reposotory。
方法2--设置CRAN和bioconductor镜像
用于读取/导出文件的R包
rio可以不用区分读入文件类型,大部分文件可直接用import()读取。
@ 是R中,S4类的一个操作符, 用于提取S4对象中的内容(slot) ,比如:
这个时候$是不起作用的,因为被S4类重写了。可以自己定义$的行为。
⚠️: matrix不能直接用$取列
⚠️因此如果想取数据框中的部分行,在方括号中直接输入行数即可,返回的仍然是数据框。但如果加了逗号,会丧失数据框的格式,也就是会使数据框的行名(往往是基因名)丢失。
后面存图时可以用paste0连接GSE编号和图片类型及后缀,这样不同数据的分析得到的图片名就跟数据相一致。
通过将变量因子化来设置柱条的顺序