（另注：我这里是隐藏了url中的index.php文件的，与不隐藏有所不同，但最终都是采用绝对URL）
首先，我在.htaccess文件里设置（作用是隐藏index.php），如下：
RewriteEngine on
RewriteCond $1 !^(index/.php|images|js|img|css|robots/.txt)#在这里写要排除的资源等
RewriteRule ^(.*)$ index.php/$1 [L]
我把JS,CSS,IMG等资源文件夹与SYSTEM文件夹放在同一级下，然后在JS文件夹中建立ajax.js文件，我在VIEW层中的文件为index.html。这样我要引入JS时，如下：
<script type="text/javascript" src="url/js/ajax.js'?>"></script>：注这里url是你的网站绝对URL（绝对 URL，就是 http://domain/js/ajax.js 这样叫做绝对 URL）
到这里就行了。当然为了可维护性，你也可以用CI自带的BASE_URL来设置，如下：
进入 application/config/config.php文件，在config.php文件中设置base_url:
$config['base_url'] = //这里是你的网站根目录
设置好后 再controller某处
$this->load->helper('url')，
然后再在VIEW层中具体页面中引入即可：
<script type="text/javascript" src='<?=base_url().'js/Ajax.js'?>'></script>
好了，CI中引入外部的JS与CSS就这么简单.
注别的说明：“ RewriteCond $1 !^(index/.php|images|js|img|css|robots/.txt) ”这里代码的意思是：任意你想访问的资源都不被重定向时，都可写在这里。有时，网站没有加载CSS,JS（它的路径都是正确的）时，都是被重定向了，这要注意.
谢谢采纳
以CI框架使用2.0版本为例：
我们下载解压后就看到如下文件目录：
这里要注意一下：如果你使用版本较低的话，目录结构就不这样的了，不过不影响我们。
1 我们将application、system、index.php 上传到网站根目录下。
2 我们再在根目录下新建一个目录“resources” 来专门存放我们CSS、JS、image等资源(这里资源目录的结构可自行定义，我这里为了做演示，只是简单处理)。
这里css、JS等是不能放到application、system目录的(有网友就这么做)。 因为出于安全原因(或者MVC模式) 这里目录是只不能直接通过URL形式访问到的，这些目录里有一个..htaccess 文件，里包含一句代码：“Deny from all”。就是此命令阻止用户直接访问这些目录。
3 我们在 resources 目录里添加一个文件：ajax.js。 这样我们在VIEW层中的文件为index.html引入JS时，如下方式：
<script type="text/javascript" src="url/ajax.js'?>"></script>注这里url是你的网站绝对URL。
另外：
1 使用 BASE_URL() 函数
当然为了可维护性，你也可以用CI自带的BASE_URL来设置，如下：
1) 首先进入 application/config/config.php文件，在config.php文件中设置base_url:
$config['base_url'] =http://www.exiplode/ //这里是你的网站根目录2) 导入 BASE_URL()函数
base_url()函数是helper 函数，需要导入才能使用。
可以在控制器里如下导入：
$this->load->helper('url')或者在config/autoload.php 文件里自动导入
/*| -------------------------------------------------------------------
| Auto-load Helper Files
| -------------------------------------------------------------------
| Prototype:
|
| $autoload['helper'] = array('url', 'file')
*/
$autoload['helper'] = array('url')
3) 然后进入VIEW层中具体页面中引入即可：
<script type="text/javascript" src='<?=base_url().'resources/Ajax.js'?>'></script>2 隐藏了url中的index.php文件、使用URL重写规则时。当然我们有时为了URL SEO方面考虑，会将index.php 隐藏起来，即让URL重写。但要注意像CSS、JS等这些资源是要排除掉的。
我们在网站根目录里放入.htaccess文件，内容为：
RewriteEngine onRewriteCond $1 !^(index\.php|resources|robots\.txt) #在这里写要排除的资源等
RewriteRule ^(.*)$ index.php/$1 [L]
也就是说：当用户访问resources目录、robots.txt文件时都不重定向到index.php， 其它一律重定向到index.php。
3 还是无效果？浏览器访问一下。
如果以上都OK后，还没有效果的话。就要看看JS、CSS是否引入进来了。你可以直接访问一下JS URL看是否有内容。
CI是属于单入口的框架，所有的请求基本都在index.php这个文件完成，使用相对路径会有问题的。在ci中最好使用site_url()函数处理链接，或者使用base_url() . + '#url#'
具体可以参看CI文档
